房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算時，對于成本費用未取得合法有效憑證，或未支付款項的，一般不允許扣除。清算完成后再取得合法有效憑證或支付款項的，可以進(jìn)行“二次清算”重新調(diào)整稅額嗎？

《國家稅務(wù)總局關(guān)于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關(guān)問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）、《國家稅務(wù)總局關(guān)于土地增值稅清算有關(guān)問題的通知》（國稅函〔2010〕220號）以及《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<土地增值稅清算管理規(guī)程>的通知》（國稅發(fā)〔2009〕91號）等土地增值稅清算相關(guān)文件都沒有提及，根據(jù)《中華人民共和國稅收征收管理法》第五十一條規(guī)定，納稅人超過應(yīng)納稅額繳納的稅款，稅務(wù)機關(guān)發(fā)現(xiàn)后應(yīng)當(dāng)立即退還；納稅人自結(jié)算繳納稅款之日起三年內(nèi)發(fā)現(xiàn)的，可以向稅務(wù)機關(guān)要求退還多繳的稅款并加算銀行同期存款利息，稅務(wù)機關(guān)及時查實后應(yīng)當(dāng)立即退還；涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關(guān)國庫管理的規(guī)定退還。

實務(wù)中，部分稅務(wù)機關(guān)發(fā)文明確土地增值稅清算完成后，符合條件的可以“二次清算”。如北京、重慶、河北、廣西、湖北、山東、青島、內(nèi)蒙古、浙江等稅務(wù)局。沒有發(fā)文的地方，土地增值稅清算后取得合法有效憑證或支付款項的，建議與主管稅務(wù)機關(guān)溝通確認(rèn)。

一、北京稅務(wù)

 《北京市地方稅務(wù)局關(guān)于土地增值稅清算管理若干問題的通知》（京地稅地〔2007〕25號）

五、納稅人在項目完成清算后繼續(xù)支付并取得合法有效憑證的成本和費用，主管稅務(wù)機關(guān)可根據(jù)實際情況重新調(diào)整扣除項目金額，但原則上應(yīng)在項目全部銷售完畢時進(jìn)行調(diào)整。

二、重慶稅務(wù)

《重慶市地方稅務(wù)局關(guān)于土地增值稅若干政策執(zhí)行問題的公告》（重慶市地方稅務(wù)局公告2014年第9號）

一、房地產(chǎn)項目清算有關(guān)規(guī)定

（五）查賬征收清算后轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)

2．清算時因未取得合法有效憑證，而未能認(rèn)定的成本項目（簡稱未定成本項目），清算后取得合法有效憑證的，應(yīng)分房產(chǎn)類型歸集“后續(xù)成本額”，可在計算當(dāng)期清算后轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)應(yīng)納稅額時后續(xù)扣除，公式如下：

單位建筑面積成本費用額=清算認(rèn)定（或上期累計）“單位建筑面積成本費用額”+本期“后續(xù)成本額”÷清算可售建筑面積

清算后轉(zhuǎn)讓扣除額=單位建筑面積成本費用額×本期轉(zhuǎn)讓面積+本期轉(zhuǎn)讓房產(chǎn)有關(guān)稅金及附加

納稅人在清算申報時應(yīng)對“未定成本項目”進(jìn)行附加說明，主管稅務(wù)機關(guān)在清算審核時一并核實確認(rèn)，否則相關(guān)成本不予以后續(xù)扣除。

三、河北稅務(wù)

2014年《河北省地方稅務(wù)局關(guān)于對地方稅有關(guān)業(yè)務(wù)問題的解答》

七、已竣工項目，但未最終決算，未支付的工程價款，以后取得發(fā)票，還允許扣除嗎？是否可以在取得合法憑證后進(jìn)行補充清算？

在土地增值稅清算中，其實際發(fā)生的支出應(yīng)當(dāng)取得但未取得合法憑據(jù)的不得扣除。對個別企業(yè)因暫時困難未支付應(yīng)扣除項目的工程費用的情形，在清算完成后三年內(nèi)取得合法有效票據(jù)的，企業(yè)可申請對該項目重新清算。

四、廣西稅務(wù)

《廣西壯族自治區(qū)地方稅務(wù)局關(guān)于發(fā)布<廣西壯族自治區(qū)房地產(chǎn)開發(fā)項目土地增值稅管理辦法（試行）>的公告》（廣西壯族自治區(qū)地方稅務(wù)局公告2018年第1號）

第五十六條 因下列原因，納稅人自收到清算審核結(jié)果之日起三年內(nèi)發(fā)現(xiàn)多繳稅款的，可以向主管稅務(wù)機關(guān)要求退還，主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)當(dāng)自接到納稅人書面退還申請之日起30日內(nèi)核查,對查實的事項應(yīng)予以追溯調(diào)整，涉及從國庫中退庫的，依照法律、行政法規(guī)有關(guān)國庫管理的規(guī)定退還。

（一）清算時應(yīng)取得但未取得合法有效憑證，清算后取得的。

（二）清算時應(yīng)實際支付但未實際支付的款項，清算后實際支付的。

（三）清算時應(yīng)分?jǐn)偟珜嶋H未能分?jǐn)偟墓餐某杀举M用，清算后能夠按照受益對象、采用合理的分配方法分?jǐn)偟摹?/p>

（四）其他合法合理原因。

五、湖北稅務(wù)

《國家稅務(wù)總局湖北省稅務(wù)局財產(chǎn)和行為稅處關(guān)于印發(fā)<土地增值稅征管工作指引(試行)>的通知》（鄂稅財行便函〔2021〕9號）

第三十九條 納稅人符合清算條件并進(jìn)行土地增值稅清算后，繼續(xù)支付并取得合法、有效憑證的支出，可申請二次清算，但必須是所有成本、費用已全部發(fā)生完畢。主管稅務(wù)機關(guān)可根據(jù)實際情況重新調(diào)整扣除項目金額并調(diào)整應(yīng)納土地增值稅稅額。二次清算后，納稅人不得再要求進(jìn)行土地增值稅清算。

六、山東稅務(wù)

《國家稅務(wù)總局山東省稅務(wù)局關(guān)于發(fā)布<國家稅務(wù)總局山東省稅務(wù)局土地增值稅清算管理辦法>的公告》（國家稅務(wù)總局山東省稅務(wù)局公告2022年第10號）

第四十二條 房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)自結(jié)算繳納土地增值稅清算稅款之日起三年內(nèi)發(fā)生下列情形之一的，可向主管稅務(wù)機關(guān)一次性提出申請，調(diào)整清算稅額，退還多繳的土地增值稅稅款：

（一）清算時未取得合法有效憑證而在清算后取得的；

（二）清算時未支付款項而在清算后支付的；

（三）清算時應(yīng)當(dāng)分?jǐn)偟珜嶋H未能分?jǐn)偟墓餐某杀举M用，清算后能夠按照受益對象、采用合理的分配方法分?jǐn)偟?/p>

七、青島稅務(wù)

    《國家稅務(wù)總局青島市稅務(wù)局關(guān)于發(fā)布<國家稅務(wù)總局青島市稅務(wù)局房地產(chǎn)開發(fā)項目土地增值稅清算管理辦法>的公告》（國家稅務(wù)總局青島市稅務(wù)局公告2022年第6號）

第三十五條 符合下列情形之一的，開發(fā)企業(yè)可在收到清算審核結(jié)論之日起三年內(nèi)，申請調(diào)整土地增值稅清算審核結(jié)果：

(一)清算時未取得合法有效憑證而在清算后取得的;

(二)清算時未支付款項而在清算后支付的;

(三)因分期開發(fā)，在清算時應(yīng)分?jǐn)偟某杀举M用未能分?jǐn)偟摹?/p>

八、內(nèi)蒙古稅務(wù)

《國家稅務(wù)總局內(nèi)蒙古自治區(qū)稅務(wù)局關(guān)于發(fā)布<內(nèi)蒙古自治區(qū)土地增值稅清算管理辦法>的公告》（國家稅務(wù)總局內(nèi)蒙古自治區(qū)稅務(wù)局公告2023年第7號）

第四十八條 自主管稅務(wù)機關(guān)送達(dá)稅務(wù)審核結(jié)論之日起三年內(nèi)發(fā)生下列情形之一的，納稅人可一次性提出申請，調(diào)整清算稅額，退還多繳的土地增值稅稅款： 

（一）清算時未取得合法有效憑證而在清算后取得的；

（二）清算時未支付款項而在清算后支付的；

（三）清算時未能分?jǐn)偟墓餐杀举M用，清算后能夠采用合理方法分?jǐn)偟摹?/p>

九、浙江稅務(wù)

《國家稅務(wù)總局浙江省稅務(wù)局關(guān)于土地增值稅征收管理若干問題的公告》（國家稅務(wù)總局浙江省稅務(wù)局公告2024年第2號）

二、清算審核

（三）主管稅務(wù)機關(guān)以納稅人提供的清算資料為依據(jù)出具的清算審核結(jié)論，原則上不再調(diào)整。

1.本公告發(fā)布之日起發(fā)出清算審核結(jié)論通知書的項目，符合下列情形之一的，自清算審核結(jié)論通知書送達(dá)之日起36個月內(nèi)，納稅人可以書面申請調(diào)整重新計算土地增值稅清算稅額：一是清算時已支付可扣除款項但未取得合法有效憑證，在清算后取得的；二是清算時未支付可扣除款項，在清算后支付，并已取得合法有效憑證的。

2.納稅人符合上述情形擬申請調(diào)整清算稅額的，應(yīng)當(dāng)在清算審核期間出具專項報告，并報送主管稅務(wù)機關(guān)確認(rèn)。未經(jīng)主管稅務(wù)機關(guān)確認(rèn)的，后續(xù)不予受理調(diào)整申請。對同一個清算單位申請調(diào)整清算稅額只允許一次。

3.主管稅務(wù)機關(guān)應(yīng)自受理納稅人書面申請之日起90日內(nèi)完成調(diào)整審核。調(diào)整清算稅額時，不得改變原清算單位、征收方式和成本費用分?jǐn)偡椒ā?/p>

（四）經(jīng)清算稅額調(diào)整的項目，其自首次清算審核結(jié)束和調(diào)整審核結(jié)束期間已發(fā)生的尾盤申報稅額允許同步調(diào)整。

（五）上述調(diào)整稅額涉及補、退稅的，按照《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關(guān)規(guī)定處理。