1、根據《國家稅務總局關于全面推開營業稅改征增值稅試點有關稅收征收管理事項的公告》（國家稅務總局公告2016年第23號）第四條規定：“按照現行政策規定適用差額征稅辦法繳納增值稅，且不得全額開具增值稅發票的（財政部、稅務總局另有規定的除外），納稅人自行開具或者稅務機關開具增值稅發票時，通過新系統中差額征稅開票功能，錄入含稅銷售額（或含稅評估額）和扣除額，系統自動計算稅額和不含稅金額，備注欄自動打印”差額征稅“字樣，發票開具不應與其他應稅行為混開。”將全部取得的收入，和扣除額（差額）填入后開具的一張專用發票，稅率欄為*，稅額為差額扣除后的實繳稅金。
2、對于勞務派遣等差額征稅，納稅人也可以選擇開具一張增值稅普通發票和一張增值稅專用發票的方式進行開票，此時，開具專用發票不要在稅控設備中選“差額征稅”方式。差額扣除的部分開具增值稅普通發票，扣除后的余額開具增值稅專用發票，兩張發票稅率保持一致。保證兩張發票的總銷售額（含稅）=實際全部取得的收入。
以上兩種常用開票方式，無論選擇其中哪一種，均要保證增值稅的應納稅額和可抵扣的進項稅額是一致的。
