最近，公司總部和跨省的分公司之間企業所得稅方面問題較多，現在小編做一個簡單的掃盲。
依據《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年第57號）的規定，居民企業在中國境內跨地區（指跨省、自治區、直轄市和計劃單列市）設立不具有法人資格分支機構的，該居民企業為跨地區經營匯總納稅企業，簡稱匯總納稅企業。
匯總納稅企業有何規定
匯總納稅企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法：
（一）統一計算，是指總機構統一計算包括匯總納稅企業所屬各個不具有法人資格分支機構在內的全部應納稅所得額、應納稅額。
（二）分級管理，是指總機構、分支機構所在地的主管稅務機關都有對當地機構進行企業所得稅管理的責任，總機構和分支機構應分別接受機構所在地主管稅務機關的管理。
（三）就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
（四）匯總清算，是指在年度終了后，總機構統一計算匯總納稅企業的年度應納稅所得額、應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補。
（五）財政調庫，是指財政部定期將繳入中央國庫的匯總納稅企業所得稅待分配收入，按照核定的系數調整至地方國庫。
總機構和具有主體生產經營職能的二級分支機構，就地分攤繳納企業所得稅。
二級分支機構，是指匯總納稅企業依法設立并領取非法人營業執照（登記證書），且總機構對其財務、業務、人員等直接進行統一核算和管理的分支機構。
以下二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅：
（一）不具有主體生產經營職能，且在當地不繳納增值稅、營業稅的產品售后服務、內部研發、倉儲等匯總納稅企業內部輔助性的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
（二）上年度認定為小型微利企業的，其二級分支機構不就地分攤繳納企業所得稅。
（三）新設立的二級分支機構，設立當年不就地分攤繳納企業所得稅。
（四）當年撤銷的二級分支機構，自辦理注銷稅務登記之日所屬企業所得稅預繳期間起，不就地分攤繳納企業所得稅。
（五）匯總納稅企業在中國境外設立的不具有法人資格的二級分支機構，不就地分攤繳納企業所得稅。
總分機構分攤稅款的計算
總機構按以下公式計算分攤稅款：
總機構分攤稅款=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
分支機構按以下公式計算分攤稅款：
所有分支機構分攤稅款總額=匯總納稅企業當期應納所得稅額×50％
某分支機構分攤稅款=所有分支機構分攤稅款總額×該分支機構分攤比例
總機構和分支機構企業所得稅稅率不一致，計算分攤比例
總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按規定的比例和計算的分攤比例，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出匯總納稅企業的應納所得稅總額，最后按規定的比例和計算的分攤比例，向總機構和分支機構分攤就地繳納的企業所得稅款。
規定的比例：匯總納稅企業按照《企業所得稅法》規定匯總計算的企業所得稅，包括預繳稅款和匯算清繳應繳應退稅款，50%在各分支機構間分攤，各分支機構根據分攤稅款就地辦理繳庫或退庫；50%由總機構分攤繳納，其中25%就地辦理繳庫或退庫，25%就地全額繳入中央國庫或退庫。
計算的分攤比例：總機構應按照上年度分支機構的營業收入、職工薪酬和資產總額三個因素計算各分支機構分攤所得稅款的比例；三級及以下分支機構，其營業收入、職工薪酬和資產總額統一計入二級分支機構；三因素的權重依次為0.35、0.35、0.30.
計算公式如下：某分支機構分攤比例=（該分支機構營業收入／各分支機構營業收入之和）×0.35+（該分支機構職工薪酬／各分支機構職工薪酬之和）×0.35+（該分支機構資產總額／各分支機構資產總額之和）×0.30.
那么分支機構經營虧損，還需要分配企業所得稅嗎？
依據《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法》（國家稅務總局公告2012年第57號）的規定，分公司如果是虧損仍需要匯總后按規定重新分配稅款。如果分公司虧損，但企業匯總之后需要繳稅的，分公司仍需按總機構分配的稅額繳稅。
辦理匯算清繳手續的規定
匯總納稅企業應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。
匯總納稅企業在納稅年度內預繳企業所得稅稅款少于全年應繳企業所得稅稅款的，應在匯算清繳期內由總、分機構分別結清應繳的企業所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規定分別辦理退稅，或者經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。
