1.跨省設立的分支機構也參與匯算清繳，多退少補
《關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）
2.可以加計扣除的研發費用范圍擴大
《關于研究開發費用稅前加計扣除有關政策問題的通知》（財稅〔2013〕70號）
3.明確了可以計入技術轉讓收入的技術咨詢、技術服務、技術培訓收入
《關于技術轉讓所得減免企業所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第62號）
4.混合性投資業務按債權投資業務進行稅務處理
《關于企業混合性投資業務企業所得稅處理問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第41號）
5.上海自貿區試點企業所得稅遞延納稅
《關于中國（上海）自由貿易試驗區內企業以非貨幣性資產對外投資等資產重組行為有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2013〕91號）
6.非居民企業派遣人員在中國境內提供勞務稅收問題的判定
《關于非居民企業派遣人員在中國境內提供勞務征收企業所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第19號）
7.非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理
《關于非居民企業股權轉讓適用特殊性稅務處理有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第72號）
8.“營改增”的非居民企業應以不含增值稅的收入全額作為應納稅所得額
《關于營業稅改征增值稅試點中非居民企業繳納企業所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第9號）
9.企業維簡費支出的稅前扣除問題明確
《關于企業維簡費支出企業所得稅稅前扣除問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第67號）
10.企業參與政府統一組織的棚戶區改造并同時符合一定條件的支出可稅前扣除
《關于企業參與政府統一組織的棚戶區改造有關企業所得稅政策問題的通知》（財稅〔2013〕65號）
11.企業政策性搬遷企業所得稅的新舊政策銜接過渡問題、資產置換稅務處理問題明確
《關于企業政策性搬遷所得稅有關問題的公告》（國家稅務總局公告2013年第11號）
12.中關村、東湖、張江國家自主創新示范區和合蕪蚌自主創新綜合試驗區有關稅收政策
《財政部、國家稅務總局關于中關村、東湖、張江國家自主創新示范區和合蕪蚌自主創新綜合試驗區有關職工教育經費稅前扣除試點政策的通知》（財稅〔2013〕14號）
《財政部、國家稅務總局關于中關村、東湖、張江國家自主創新試點地區和合蕪蚌自主創新綜合試驗區有關研究開發費加計扣除試點政策的通知》（財稅〔2013〕13號）
13.中關村自主創新示范區三項企業所得稅優惠新政
《關于在中關村國家自主創新示范區開展高新技術企業認定中文化產業支撐技術等領域范圍試點的通知》（國科發高〔2013〕595號）
《關于中關村國家自主創新示范區有限合伙制創業投資企業法人合伙人企業所得稅試點政策的通知》（財稅〔2013〕71號）
《關于中關村國家自主創新示范區技術轉讓企業所得稅試點政策的通知》（財稅〔2013〕72號）
14.從七個方面強化對企業所得稅匯算清繳的管理
《關于進一步加強企業所得稅匯算清繳工作的通知》（稅總發﹝2013﹞26號）
15.支持蘆山地震災后恢復重建有關稅收優惠政策
《關于支持蘆山地震災后恢復重建有關稅收政策問題的通知》（財稅〔2013〕58號）
