開發成本中的開發間接費用，是指直接組織、管理開發項目發生的費用，包括工資、職工福利費、折舊費、修理費、辦公費、水電費、勞動保護費、周轉房攤銷等。如何理解直接組織、管理開發項目發生的工資呢？

《土地增值稅清算管理規程》（國稅發【2009】91號）第二十一條規定，審核扣除項目是否符合下列要求：

1.扣除項目金額中所歸集的各項成本和費用必須是在清算項目開發中直接發生的或應當分攤的。

2.對同一類事項，應當采取相同的會計政策或處理方法。會計核算與稅務處理不一致的，以稅務處理規定為準。

《中華人民共和國土地增值稅暫行條例實施細則》（財法字）【1995】6號）

第七條規定：“條例第六條所列的計算增值額的扣除項目，具體為：

……

（二）開發土地和新建房及配套設施（以下簡稱房地產開發）的成本，是指納稅人房地產開發項目實際發生的成本（以下簡稱房地產開發成本），包括土地征用及拆遷補償費、前期工程費、建筑安裝工程費、基礎設施費、公共配套設施費、開發間接費用。

(三)開發土地和新建房及配套設施的費用（以下簡稱房地產開發費用），是指與房地產開發項目有關的銷售費用、管理費用、財務費用。”

相關項目能否作為土地增值稅前扣除項目，與會計上計入哪個科目無關，如公司的開發部、工程預算部、技術部、財務部人員工資能否扣除，應按上述土地增值稅的規定處理。如果幾個部門是專為該項目而成立，職能即為直接組織、管理開發項目，則其發生的工資可以在計算土地增值稅時扣除；否則應作為企業行政管理部門（總部）為組織和管理生產經營活動而發生的管理費用，不得在計算土地增值稅時申報扣除。