根據《國家稅務總局關于印發<跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理辦法>的公告》（國家稅務總局公告2012年第57號）第十條及第十一條規定，匯總納稅企業應當自年度終了之日起5個月內，由總機構匯總計算企業年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照本辦法規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。

　　匯總納稅企業在納稅年度內預繳企業所得稅稅款少于全年應繳企業所得稅稅款的，應在匯算清繳期內由總、分機構分別結清應繳的企業所得稅稅款；預繳稅款超過應繳稅款的，主管稅務機關應及時按有關規定分別辦理退稅，或者經總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業所得稅稅款。

　　匯總納稅企業匯算清繳時，總機構除報送企業所得稅年度納稅申報表和年度財務報表外，還應報送匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、各分支機構的年度財務報表和各分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明；分支機構除報送企業所得稅年度納稅申報表（只填列部分項目）外，還應報送經總機構所在地主管稅務機關受理的匯總納稅企業分支機構所得稅分配表、分支機構的年度財務報表（或年度財務狀況和營業收支情況）和分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明。

　　分支機構參與企業年度納稅調整情況的說明，可參照企業所得稅年度納稅申報表附表“納稅調整項目明細表”中列明的項目進行說明，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進行說明。

　　因此，從2013年起，匯總繳納企業所得稅的分支機構也要按上述規定進行企業所得稅匯算清繳。