一是促使在基金管理上嚴格執行“錢賬管用分離、基金封閉運行”的原則，嚴肅政策，嚴格管理。縣財政部門在縣信用聯社開設了財政補助專戶和“新農合”基金專戶，縣合管辦在縣信用聯社開設備用金專戶。嚴格按照《東海縣新型農村合作醫療基金財務管理實施細則（試行）》的規定，做到專戶儲存、專款專用、收支分離、管用分離、用撥分離。

　　二是促使在基金撥付上本著“簡化程序、方便群眾”的原則，簡化工作手續，方便群眾報銷。參合患者在各定點醫療機構就醫實行現場直補，經縣、鄉合管機構核銷后，按月由財政部門直接劃入各單位賬戶；在非定點機構住院的患者，出院后到縣合管辦辦理現金補償。

　　三是促使加強了對定點醫療機構的監管。落實了三級審核制度，即醫療機構自審，合管辦初審，財政局終審。并堅持公開與公示制度，由縣合管辦統一制作宣傳公示欄，在經辦機構及定點醫療機構公示參合農民的權利義務及報銷費用流程，參合農民醫療費用補償情況定期在經辦機構、定點醫療機構進行公示，并公示到村，每月更新一次。