開具農產品收購發票時，可以按買價的9%計算進項稅額進行抵扣。若納稅人購進農產品用于生產或委托加工13%稅率貨物，則在9%扣除率的基礎上加計1%扣除，實際扣除率為10%。

如果農產品用于職工福利，則進項稅額不得抵扣。如果有非正常損失，需要將已抵扣的進項稅額轉出。