問題一：增值稅專用發票、機動車統一發票和海關進口專用繳款書的認證/比對期限有新要求？

根據《國家稅務總局關于進一步明確營改增有關征管問題的公告》（國家稅務總局公告2017年第11號）第十條規定：“自2017年7月1日起，增值稅一般納稅人取得的2017年7月1日及以后開具的增值稅專用發票和機動車銷售統一發票，應自開具之日起360日內認證或登錄增值稅發票選擇確認平臺進行確認，并在規定的納稅申報期內，向主管國稅機關申報抵扣進項稅額。

增值稅一般納稅人取得的2017年7月1日及以后開具的海關進口增值稅專用繳款書，應自開具之日起360日內向主管國稅機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》，申請稽核比對。

納稅人取得的2017年6月30日前開具的增值稅扣稅憑證，仍按《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》（國稅函〔2009〕617號）執行。”

問題二：海關專用繳款書上既有本單位又有代理企業名稱，是否影響抵扣？

根據《國家稅務總局關于加強進口環節增值稅專用繳款書抵扣稅款管理的通知》（國稅發〔1996〕32號）規定：“一、對海關代征進口環節增值稅開據的增值稅專用繳款書上標明有兩個單位名稱，即既有代理進口單位名稱，又有委托進口單位名稱的，只準予其中取得專用繳款書原件的一個單位抵扣稅款。

二、申報抵扣稅款的委托進口單位，必須提供相應的海關代征增值稅專用繳款書原件、委托代理合同及付款憑證，否則不予抵扣進項稅款。”

問題三：公路通行費進項如何抵扣？

根據《財政部 國家稅務總局關于收費公路通行費增值稅抵扣有關問題的通知》（財稅〔2016〕86號）規定，自2016年8月1日起：“增值稅一般納稅人支付的道路、橋、閘通行費，暫憑取得的通行費發票（不含財政票據，下同）上注明的收費金額按照下列公式計算可抵扣的進項稅額：

高速公路通行費可抵扣進項稅額=高速公路通行費發票上注明的金額÷（1+3%）×3%

一級公路、二級公路、橋、閘通行費可抵扣進項稅額=一級公路、二級公路、橋、閘通行費發票上注明的金額÷（1+5%）×5%

通行費，是指有關單位依法或者依規設立并收取的過路、過橋和過閘費用。”