鑒于跨地區（省、自治區、直轄市和計劃單列市）經營匯總納稅企業（以下簡稱匯總納稅企業）分布地域廣，總機構和分支機構稅務機關不在同一省市，為便于企業履行備案手續，避免出現“看的見的管不了，管得了的看不見”等問題，《企業所得稅優惠政策事項辦理辦法》對匯總納稅企業享受優惠政策備案問題作了如下規定：
一是分支機構享受所得減免、研發費用加計扣除、安置殘疾人員、促進就業、部分區域性稅收優惠（西部大開發、經濟特區、上海浦東新區、深圳前海、廣東橫琴、福建平潭），以及購置環境保護、節能節水、安全生產等專用設備投資抵免稅額優惠，由二級分支機構向其主管稅務機關備案。其他優惠事項由總機構統一備案。
二是總機構應當匯總所屬二級分支機構已備案優惠事項，填寫《匯總納稅企業分支機構已備案優惠事項清單》，隨同企業所得稅年度納稅申報表一并報送其主管稅務機關。
三是同一省、自治區、直轄市和計劃單列市內跨地區經營的匯總納稅企業優惠事項的備案管理，由省稅務機關確定。
