2013年底之前有媒體報道稱，萬科企業股份有限公司2012年年報中，計提的土地增值稅清算準備金44.34億元，為應付未付的土地增值稅，即該公司欠交的“土地增值稅”。針對這一指稱，萬科企業股份有限公司在2013年底最后一天發布了“關于不存在應繳未繳土地增值稅的公告”。萬科披露，近三年萬科計繳納稅金約620億元，其中土地增值稅144億元，而其2010年至2012年三年來凈利潤為294.53億元。

　　據業內專家分析，萬科2010年至2012年三年累計繳納稅金是同期凈利潤的2.1倍，從此進一步分析得出在某些房價高企的城市，房價中約80%左右是由房地產開發企業向地方政府繳納的各種稅費，即地方政府部門是高房價的最大受益者，而購房者最終承擔了這些高額稅費。

　　這其中的邏輯并不復雜，房企從拿地開始到房子建成和銷售給購房人，所有階段的稅費等都計入房價，成為房屋銷售價格中的成本。房屋由購房人購得后，這其中的稅費最后由購房人“買單”。

　　據業內人士歸納，房企繳納的各種稅費包括房地產稅、行政性收費、土地出讓金和貸款利息等幾大塊。其中，與房地產開發建設相關的稅收包括房產稅、城鎮土地使用稅、耕地占有稅、土地增值稅、兩稅一費（營業稅、城市維護建設稅和教育費附加）、契稅、企業所得稅、印花稅、外商投資企業和外國企業所得稅等，約占房屋開發成本的20%左右。行政性收費，主要是由各地方政府和各級行政主管部門向房企收取的費用，包括征地管理費、商品房交易管理費、城市建設配套費、人防費、煤氣水電增容費、開發管理費等，約占開發成本的20%左右。土地出讓金是房企通過政府組織的“招拍掛”方式獲得土地向政府部門繳納的土地費用，在房價高企的重點城市，這部分占到房價的30%至60%.另外，房企向銀行貸款生成的利息及銀行向其收取的各種費用，如財務顧問費、公證費、保險（放心保）費、手續費等，也計入房價成本之中。上述各項費用都計入房價之中，各項費用累加后可達到市場房價的80%左右。

　　據初步統計，房企除了法定繳納的稅費之外，在房地產開發的九個流程階段，即房地產立項階段、辦理用地階段、房屋拆遷階段、勘察設計階段、項目報驗階段、招投標階段、房地產施工階段、竣工銷售階段，共計繳納的各種費用多達34種。有的地方政府部門根據“需要”和“可能”，巧立名目，亂用行政公權，向房企征收了許多不該收的各種“稅費”。可以說，一些地方的房地產稅費征收已亂象紛呈，嚴重干擾和破壞了國家法定的稅收征管體系，破壞了市場經濟的正常秩序。這種亂象正是我國房地產調控政策無法得到完整執行和執行效果大打折扣的重要影響因素，是我國許多重點城市房價反復上漲的重要成因。

　　從體制或深層次分析，房地產領域稅費征收亂象與地方政府片面追求GDP增長、推行土地財政、政府過多干預市場有內在聯系。當前我國經濟增長模式注重國民經濟規模增長，對地方政府考核以GDP規模和增長為重要指標，使得地方政府大多以房地產為支柱產業，通過土地開發和房地產業帶動上下游幾十個行業的發展，從而使地方GDP規模迅速擴張。而要保持這種外延式擴張，需要投入大量的資源，包括土地和資金等，在中央轉移支付有限的條件下，地方政府不約而同地找到了土地財政這條聚財途徑。地方政府由于事權與承擔的相關責任不匹配，只能通過搶收土地財政來增加財政收入。而在“大政府、小市場”的現有體制下，地方政府掌握了太多的資源和行政權力，隨時可用手中的權力去分配經濟資源包括土地。推行土地財政的一大惡果，當然就產生了向房地產企業征收各種稅費的亂象，使國家房地產調控政策不能得到有效執行，調控效果大幅削減。

　　因此，要從根本上消除房地產領域的稅費亂象，恢復房地產市場的正常秩序，必須認真貫徹黨的十八屆三中全會精神，從根子上治理，即要終止地方政府推行土地財政的做法，深化財稅改革，讓地方政府的財權與承擔的事權相匹配，在對土地財政實行“釜底抽薪”的同時，給地方設立新的主體稅種，如房產稅和資源稅；要處理好政府和市場的關系，使市場在資源配置中起決定性作用和更好地發揮政府作用，科學界定地方政府部門在房地產領域的行政審批事項和權力邊界，市場能做的事情一定交給市場去做。同時，國家要加快經濟發展方式的轉變，改變許多地方事實上以房地產為支柱產業的增長模式，要改變惟GDP考核地方官員政績的做法，以更加科學的“五統一”進展來考慮地方政府的政績。