金稅工程是國家電子政務“十二金”工程之一，從1994年上半年到2001年上半年，先后經歷了一期和二期建設階段。2005年9月7日，國務院審議通過金稅三期工程項目建議書；2007年4月9日，發改委批準金稅三期工程可研報告；2008年9月24日，發改委正式批準初步設計方案和中央投資概算，標志金稅三期工程正式啟動。

金稅工程中的重要環節為增值稅防偽稅控系統，從94年，根據朱總理“先試點，后推廣”的指示精神，開始組織力量在遼寧鞍山、江蘇鎮江和廣東珠海三市試點，1996年1月1日起全國凡是開具百萬元版增值稅專用發票的企業全部安裝運行防偽稅控系統，2000年1月1日起，所有十萬元版以上的增值稅專用發票一律通過防偽稅控系統開具。截止目前，增值稅防偽稅控系統已經進入全面的三期推廣階段，全面覆蓋增值稅一般納稅人，只要開具專用發票就必須通過防偽稅控系統開具。可以說增值稅防偽稅控系統是我國“前無古人，后無來者”的創造發明。

金稅三期工程在廣東、山東、河南、山西、內蒙古、重慶6個省（市）級國地稅局先行試點，然后在全國推廣。這項具有重要戰略地位的國家級信息系統工程，融合了稅收業務變革和技術創新，具有六大創新點： ――運用先進稅收管理理念和信息技術做好總體規劃

運用流程管理理念規劃征管系統，直接使用工作流工具，增強征管系統的適應性，有效支持業務由職能導向轉變為流程導向，由結果監督轉變為過程監督。

運用稅收風險管理理念規劃管理決策系統，并與征收管理、行政管理系統進行有效銜接，提高信息應用水平。

運用面向服務的理念、技術整合行政管理系統，把已開發的應用軟件以松耦合方式整合到行政管理系統中，實現信息共享。

――統一全國征管數據標準、口徑

通過對稅收元數據的屬性定義，保證數據項標準、口徑的唯一性；通過規范數據采集方式和標準，實現涉稅信息的“一次采集，系統共享”，并為涉稅信息的拓展應用奠定基礎。

――實現全國征管數據應用大集中

逐步建立以總局為主、省級為輔的全國征管數據應用大集中模式，在總局進行征管數據的集中處理和存儲，并建立第三方信息共享機制，實時、完整、準確地掌握納稅人涉稅信息和稅務機構、人員情況。

――統一國地稅征管應用系統版本

實現全國國地稅征管應用系統的版本統一。應用系統將在統一技術基礎平臺的基礎上，增強開放性、靈活性和可動態配置，充分適應國地稅的業務管理和技術發展需要。

――統一規范納稅服務系統

通過統一規范總局、省局的納稅服務渠道、功能，建設全國的納稅服務系統，為納稅人和社會公眾提供統一、規范的信息服務、辦稅服務、征納互動服務。

――建立統一的網絡發票系統

通過建設統一的網絡發票管理、查詢等系統，制定網絡發票開具標準和賦碼規則等相關制度，及時獲取納稅人開具發票信息，與申報信息分析比對，促進稅源管理；為納稅人提供發票信息辨偽查詢；并逐步實現發票無紙化，最大限度地壓縮假發票的制售空間。

根據國家稅務總局的統一部署，重慶稅務局作為全國地稅首家金稅三期試點單位將于2013年2月正式上線運行金稅三期工程核心征管、個人稅收管理、決策支持1包和外部信息交換等軟件。