自然人投資者作為個人所得稅重點納稅人，各地稅務機關都給予了高度關注。但由于股權轉讓涉及面較廣，部分納稅人和扣繳義務人對股權轉讓行為的納稅義務比較陌生，有時還會發生未按規定履行納稅義務和扣繳義務的現象。究其原因，主要有以下幾個方面：

一是低平價轉讓中核定制度不完善。當前有限責任公司個人股東股權轉讓較為頻繁，個人股權轉讓給個人時實際轉讓收入掌握起來比較難，轉讓雙方的當事人出于種種目的不愿意提供真實的轉讓收入，存在低價或平價轉讓股權現象，低價轉讓尤為突出。而針對存在低價或平價轉讓的情況，稅務機關沒有一套完整的核定征收規程。

二是扣繳義務人規定不具體?，F行個人所得稅法規定支付者為扣繳義務人，但支付者（股權購買方）往往不知道納稅人（股權出讓方）的股權原值，不能準確計算其應扣繳的個人所得稅額。如果股權購買方是外國公司或外籍個人，其作為扣繳義務人如何履行扣繳義務，如何進行扣繳申報，現行稅法均沒有明確規定。

三是股權轉讓信息獲取不及時。在股權轉讓的一般程序中，股權變更登記為最后一道環節，自然人股權轉讓往往事前不主動告知稅務機關，稅務機關在收到工商部門的股權變更資料辦理變更稅務登記時才知曉，個人所得稅征管相對滯后，給稅款的追征帶來一定的困難。

針對現行股權轉讓稅收征管中出現的問題，應及時制定相關的稅收政策，積極采取有效措施，加強和完善股權轉讓的稅收征管。

一是實行自然人股權轉讓價格認證制度。與物價部門聯合制定涉稅財產價格鑒證管理辦法，啟動對企業股權轉讓中涉及不動產價格的涉稅財產價格鑒定程序，通過具有公信力的價格鑒證，強化對不同類型企業的股權轉讓的個人所得稅管理。通過對自然人股權轉讓的價格鑒證，既可以減少稅務機關的執法風險，也較容易獲得納稅人的認可。同時，制定規范的股權轉讓審核流程，并嘗試增加約談筆錄、對關聯性企業股權轉讓進行反避稅審核等環節，加強對股權轉讓價格的確認。

二是進一步明確申報主體和法律責任。現行個人所得稅法和全員全額扣繳辦法中，除“個體工商業戶的生產經營所得”和“對企事業單位的承包經營、承租經營所得” 兩個項目外，其余九個項目均為代扣代繳項目。這有利于加強對稅源的管理，但對于財產轉讓所得這一項目來說，自然人之間發生的轉讓，納稅義務發生時間的界定和扣繳責任的界定不夠明確。因此，應進一步明確受讓方為扣繳義務人，轉讓方同時負有向受讓方提供原值（協議）和相關費用的義務，股權變更企業則有及時向稅務機關報告相關信息并配合稅務機關工作的義務，以及上述三方未履行法定義務而應承擔的法律責任。如果股權購買方是外國公司或外籍個人，將其作為扣繳義務人履行扣繳義務有困難的，可明確由轉讓方自行申報。

三是完善信息交換制度及信息系統建設。征管不到位主要是由于信息不對稱、對納稅人缺乏行之有效的前置管理手段造成的。因此，應做到各級稅務部門與工商登記部門密切配合，在納稅人辦理工商登記變更前，督促企業及時向主管稅務機關報送自然人股權變更情況表，納稅人憑完稅證或不征稅證明才能準以在工商變更登記。同時，開發專門針對股權轉讓的信息系統，對所轄企業逐戶登記自然人股東明細信息，動態監控企業自然人股東及其股權變動情況。并開發相應的模型，與稅務登記庫相關聯，當稅務登記庫股東信息發生變動時，自動發送風險應對，并由稅務人員對系統進行維護，不斷完善信息系統建設。