自2013年8月1日起，按國家有關規定，云南省開始執行月銷售額未超過2萬元的小規模企業和非企業性單位免征增值稅政策優惠，9月納稅申報期結束后享受該政策的小規模納稅人73526戶（含零申報戶），占全部小規模納稅人企業申報總戶數84653戶的86.9％。8月所屬期免征小微企業增值稅額329.9萬元，占當期全部小規模納稅人企業申報應納稅額4404萬元的7.49％。

在小微企業政策執行中，也存在一些問題：一是享受優惠政策的小微企業銷售額臨界點問題。此次小微企業銷售額未超過2萬元（按季征收的為6萬元）的免征增值稅，與小規模個體工商戶達不到起征點（云南省為2萬元）免征增值稅政策，二者在臨界點的處理上不一致（小規模企業和非企業性單位銷售額2萬元免稅，但個體工商戶2萬元要全額征稅），造成同屬小規模納稅人的個體戶和企業或非企業性單位政策執行不統一，社會反響較強烈，納稅人認為此政策對更應該扶持的個體戶不公平，容易產生征納矛盾。二是享受優惠政策的小微企業銷售額范圍問題。小微企業及個體工商戶執行的是起征點以下免稅政策，其銷售額范圍為應稅銷售額、銷售固定資產銷售額、免稅銷售額和出口免稅銷售額，如納稅人以上四項銷售額不達起征點，則免稅，這樣就掩蓋了納稅人享受的其他免稅政策，而且形成了一事兩免的情況出現，不符合同一事項不得同時享受免稅的原則。三是享受優惠政策的小微企業代開增值稅專用發票問題。因小微企業和個體工商戶（查賬征收）當月銷售額暫無法確定，但納稅人有申請代開增值稅專用發票（含貨運專票）的權利，目前的矛盾是納稅人如果申請開具增值稅專用發票則需要預繳稅款，月末納稅人核算銷售額未達起征點的，如果納稅人將票追回，稅務機關可依規辦理紅票沖抵、退稅等手續，但過程十分繁瑣，給納稅人享受優惠政策制造許多制度障礙；而如果納稅人不能將開出的專票追回則無法退稅，造成納稅人開票銷售額征稅而其他銷售額免稅的情況出現，不符合政策規定，給稅務機關造成兩難局面。

針對存在的問題，云南省國稅局建議：一是統一小規模納稅人起征點政策，特別是臨界點的處理，對小規模個體工商戶銷售額不超過2萬元的也實行免稅政策。二是小微企業和個體工商戶起征點以下免稅的銷售額范圍應只包括應稅銷售額和銷售固定資產銷售額兩項。三是建議國家稅務總局出臺規定，對小規模納稅人申請代開增值稅專用發票時，應申明放棄此次開票銷售額的免稅權，即使月（季）銷售額不達起征點，對開具專用發票的銷售額也因已放棄免稅權，稅務機關征稅符合規定。或者要求納稅人提供證據證明當月銷售額（主要是開具發票銷售額）已達起征點的，則稅務機關可以先征稅后代開增值稅專用發票，否則一律不得代開增值稅專用發票。