一、委派會計與被派駐單位關系問題。
長期以來，單位會計特別是企業單位會計基本上都是由所在單位選拔產生，由于其個人經濟利益和政治前途大多關乎和維系于所服務的單位，因而，單位會計在積極維護本單位利益和設法推進本單位發展方面便十分投入。而委派會計直接由服務單位以外的會計公司派出，其個人政治、經濟利益直接源于會計公司，與所服務單位不發生任何經濟糾葛，這就從經濟關系方面客觀地決定了委派會計很難像單位會計那樣積極主動地為單位發展與繁榮傾心出力。目前有些委派會計在單位經營中投入不積極、不主動，言行舉止冷漠。這對于長期違規截留和占取國家利益的企業，在思想意識上對委派會計產生某些戒備心理也是順理成章的了。這就使委派會計與單位領導、單位會計之間埋下關系危機隱患。
二、委派會計的專業知識、專業技能的適應性問題。
由于行業的不同，服務于此行業的會計工作也直接表現出與彼行業迥然各異的特點。特別是在會計科目的設置、會計報表的填列和對本行業內部經濟部門實施會計管理與監督等方面尤為突出。如果委派會計不具備相應的行業基礎知識，缺乏對所服務行業或單位基本業務情況及特性的了解，沒有對相應行業會計知識和行業會計特殊操作技能的切實把握，欲發揮委派會計作用和實現委派會計管理體制的初衷是絕對不可能的。
三、委派會計的穩定性與會計人員的流動性之間的矛盾問題。
委派會計在單位財務工作中的既服務又監督，客觀要求其必須具備相應的專業知識、專業技能。然而，這些知識、技能的取得，是與對單位生產經營底數的切實把握分不開的，不經過一定時間的行業熏陶，沒有在實際工作中的切身摸索與鍛煉，就不會有會計工作上的得心應手。這就要求委派會計人員在同一單位（行業）的熟練性會計服務時間必須予以保證，委派會計人員應該具有相對穩定性。但是，從委派會計的性質和會計工作的監督角度考慮，由于委派會計人員并不是工作和生活在真空里面，在實際工作中，它每時每刻都需要與被服務單位領導及同事接觸，在長期的工作實踐和生活交往中，特別是在被服務單位經濟誘惑面前，對于思想意志和政治立場并不堅定的委派會計人員來說，一度忘記自己的身份和職責的現象很難說不發生。所以，從保障委派會計工作的有效性出發，實施委派會計干部崗位流動性制度也是必不可少的。目前一些地方正在實行的會計委派制也或多或少地涉及到流動性內容。然而，穩定與流動歷來是同一矛盾的兩個對立方面，過分強調其中的某一方都會直接損害另一方，如果二者關系處理不妥，就會直接影響到整個會計委派制工作的全面健康發展。
四、單位收支“決口”問題。
長期以來，單位會計工作一直是單位各項生產經營收支的匯集地，盡管有些單位從小集團利益出發私設了“小金庫”，但由于外部監督力度不大，這些“小金庫”的資金占有額并不是很大。然而，當委派會計進入單位并依法直接切入單位生產經營的時候，外部監督力度加大了，單位小集體或個人私利的活動范圍便自然受到遏制。在這種情況下，為了維護單位局部利益或個人私利，一些習慣于亂開支、損公濟私和違規經營的單位，極有可能就此將資金暗渡陳倉。在這里，“小金庫”資金的加速膨脹和“兩套賬”的興起便是首當其沖。如果監督不力，這些資金就會超出委派會計人員的視野，而客觀游離于其管理與控制之外；如果這些資金長期失控，就會客觀影響單位主體經營效益的下降，無疑也會直接降低委派會計工作效果，對于委派會計工作的長期健康發展造成難以彌補的影響。
五、委派會計對單位經營效益的關注問題。
做為生產經營單位，最重要的課題之一，是在經營業務飽和的情況下，通過增收節支最大限度地提高經營效益。會計，做為單位經營管理的主體，對單位經營效益的增長發揮著不可替代的作用。鑒于此，凡有志于單位發展的經營者都十分重視會計工作，在會計人員的選拔、任用及給予待遇等方面另眼相待。由于經營者的重視，特別是經濟利益直接與會計人員掛鉤措施的到位，極大地調動了單位會計人員的工作積極性，使其盡心盡力的為單位經營出謀劃策。然而，委派會計的各種利益關系卻維系于會計公司，雖然從監督角度考慮功不可沒，但從個人所得方面著眼，由于委派會計個人利益與被服務單位沒有必然聯系，所以要使委派會計真正地像單位會計一樣傾心關注單位經營和經濟效益提高，從情理上來說是不現實的。因此，委派會計較之單位會計在提高單位經營效益方面都不會比單位會計積極性高。
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