國家稅務總局制定下發了《關于修訂企業所得稅納稅申報表的通知》（國稅發〔2006〕56號），規定自2006年7月1日起，全國統一使用新的企業所得稅納稅申報表（以下簡稱新申報表）。新的企業所得稅納稅申報表與現在執行的企業所得稅（以下簡稱舊申報表）相比，無論在形式還是在內容上都發生了很大變化。關于技術開發費加計扣除問題，在申報形式和政策上都發生了很大變化。

　　首先，新申報表增加了附表九《技術開發費加計扣除額明細表》。同時，將技術開發費加計扣除額不在作為納稅調整減少額的減項，而是將其作為納稅調整后所得得減少，可以在納稅年度中列支的加計扣除額采用了技術開發費加計扣除額與主表第16行減17行、18行、20行加19行得出的數據孰小的原則填列。在舊申報表中，技術開發費加計扣除額作為納稅調整減少額的減項，從而參與計算了應納稅所得額的計算，同時，技術開發費加計扣除額的申報限額卻又與應納稅所得額進行比較后填列，顯然在邏輯上存在問題；同時，在同時發生公益性捐贈支出和技術開發費加計扣除的情況下，由于兩者都是以應納稅所得額作為扣除限額或計算基數，這就存在了先后順序的問題，這些都引起了廣泛的爭議。而目前的申報方式有效的解決了上述問題，也使技術開發費加計扣除的計算過程更為簡單，與主表之間的勾輯關系清楚，更有利于企業技術開發費加計扣除的申報工作。

　　其次，根據國家稅務總局《關于促進企業技術進步有關稅收問題的補充通知》（國稅發〔1996〕第152號）、國家稅務總局《企業技術開發費稅前扣除管理辦法》（國稅發[1999]49號）及財政部、國家稅務總局《財政部、國家稅務總局關于擴大企業技術開發費加計扣除政策適用范圍的通知》（財稅[2003]244號）的規定，納稅調整后所得是研究開發費用附加扣除額、資助非關聯的科研機構和高等學校的研究開發經費的抵扣限額。依照現行稅法的規定，所有財務核算制度健全、實行查賬征收企業所得稅的各種所有制的工業企業，當年研究開發新產品、新技術、新工藝所實際發生的費用比上一年度實際發生額增長幅度在10％以上的（含10％），均可按其實際發生額的50％抵扣企業當年應納稅所得額。其實際發生額的50％如大于企業當年應納稅所得額，可就其不超過應納稅所得額的部分，予以抵扣；超過部分，當年和后年度均不再抵扣。虧損企業發生的技術開發費可以據實扣除，但不實行增長達到一定比例抵扣應納稅所得額的辦法。企業資助非關聯的科研機構和高等學校的研究開發經費，經主管稅務機關審核確定，可以全額在當年應納稅所得額中扣除，但也不得超過當年的應納稅所得額。但是，從新申報表附表三所列示內容來看，當年未能全部扣除的部分可以在以后5年內結轉底扣，這么規定顯然不符合目前的相關稅法要求，新申報表是依據《國務院關于印發實施〈國家中長期科學和技術發展規劃綱要（2006-2020年）〉若干配套政策的通知》（國發〔2006〕6號）的文件規定確定的，允許企業按當年實際發生的技術開發費用的150％抵扣當年應納稅所得額，實際發生的技術開發費用當年抵扣不足部分，可按稅法規定在5年內結轉抵扣。同時，按照新規定虧損企業發生的技術開發費只要符合增長10%及其他條件的，也可以在當年度或以后5年內進行底扣。這將有利于促進我國科學技術進步，同時，也能進一步降低企業的稅負，給企業在利用技術開發費進行稅收籌劃提供了豐富的空間。

　　新申報表關于技術開發費加計扣除的變化有著非常積極的意義，但我們仍然注意到存在一些不足或爭議的地方。

　　首先，法規之間的沖突，新申報表允許企業技術開發費加計扣除額當年未底扣完的部分可以在以后5年內結轉底扣，這與目前的稅法規定有沖突，相關部門也廢止以前與新規定不符的條款，存在立法上的不嚴謹問題。

　　其次，關于當年未底扣完的部分可以在5年內結轉底扣缺少進一步的規定，以后年度是先扣除以前年度未結轉扣除額還是先扣除本年應加計扣除額，這個問題涉及到一個5年期限的問題。下面我們以下表為例說明一下，假設如公司歷年來發生技術開發費及加計扣除額計算情況如下：（見附件列表）

　　假如允許先扣除前年度結轉未抵扣額，則N6年結轉以后年度的未抵扣額就可以理解為當年未底扣額，可以在以后5年內底扣；假如是先扣除本年應加計扣除額，則N6年結轉以后年度的未抵扣額的15萬元就不能在以后年度扣除。不同的底扣方法對企業的納稅會產生一定的影響。

　　最后、在主表中，將應加計扣除額排列在彌補以前年度虧損之后扣除，存在轉移虧損的嫌疑。例如：某本年企業納稅調整后所得為100萬元，以前年度允許彌補虧損90萬元，技術開發費加計扣除額為30萬元，無其他事項。按新申報表規定，技術開發費加計扣除額應填列10萬元，其余20萬元在以后5年內結轉底扣，而此時企業的以前年度虧損已經全部彌補完；如將應加計扣除額先從納稅調整后所得中扣除，在進行彌補以前年度虧損，情況則不同，技術開發費加計扣除額全部底扣完，而本年度彌補以前年度虧損為70萬元，尚有虧損20萬元未得到彌補。顯然不同的處理方法對企業會產生不同的影響，會影響到技術開發費加計扣除額的扣除和企業虧損的彌補。通常，應優先扣減本年度發生的符合稅法規定的事項，然后再行處理以前的事項，新申報表的規定有可能使企業將虧損通過技術開發費加計扣除額的方式向以后年度順延，當然，也可能使企業在不能底扣技術開發費加計扣除額的情況下失去用虧損底扣稅款的機會。