應付和預付科目對沖的做賬方法是：當應付賬款和預付賬款有相同供應商且金額相等時，可直接對沖，借記應付賬款，貸記預付賬款。若金額不等，差額部分需另外處理。此操作須確保雙方科目余額正確，遵循會計原則。