是的，作為總包，只收工程款發票，根據工程進度款扣除代發有一定的稅務風險。首先，總包要承擔工資支付的稅費責任，給分包農民工發放工資時，總包負責對這些農民工及其所發放的工資，進行個人所得稅申報、繳納，以及各種社會保險金的繳納。其次，分包農民工所發放的工資，如果分包公司無法提供有效財務憑證，會帶來不利的稅務處理結果。最后，分包農民工稅后工資若超出分包公司預定的額度，總包可能需要負責稅收的補繳。 從以上可以看出，作為總包只收工程款發票，根據工程進度代發有稅務風險，具體稅務風險主要是指：稅費責任、有效財務憑證、超出預定稅收額度等。因此，為了減少稅務風險，建議加強與分包公司的溝通，按時了解和審核公司的支付憑證，確保稅務合規。