根據相關規定，農民工的個人所得稅應由支付所得的單位代扣代繳。在你描述的情況中，雖然是總包代發了農民工工資，但小規模建筑勞務公司作為支付農民工工資的單位，仍是農民工個人所得稅的扣繳義務人。 如果總包申報了個稅，這部分工資可以作為總包的成本。而對于分包工程款，扣除的部分仍然應算為分包的收入。 分包不能再用這部分工資做稅前扣除。因為這部分工資已經在總包處進行了核算和扣除，不能重復在分包處進行稅前扣除。 根據《保障農民工工資支付條例》，用人單位應當實行農民工勞動用工實名制管理，與招用的農民工書面約定或者通過依法制定的規章制度規定工資支付標準、支付時間、支付方式等內容。并且，用人單位應當按照工資支付周期編制書面工資支付臺賬，并至少保存3年。書面工資支付臺賬應當包括用人單位名稱，支付周期，支付日期，支付對象姓名、身份證號碼、聯系方式，工作時間，應發工資項目及數額，代扣、代繳、扣除項目和數額，實發工資數額，銀行代發工資憑證或者農民工簽字等內容。用人單位向農民工支付工資時，應當提供農民工本人的工資清單。 另外，若勞務公司與農民工簽訂了勞動合同，那么勞務公司需按工資薪金代扣代繳個人所得稅，并向工程作業所在地稅務機關申報繳納。如果未簽訂勞動合同，而是存在勞務派遣或個人包工頭隊伍等情況，則個人所得稅的申報方式會有所不同，具體規定可參考《國家稅務總局關于建筑安裝業跨省異地工程作業人員個人所得稅征收管理問題的公告》（國家稅務總局公告2015年第52號）等相關文件。