對于員工的個人所得稅的處理，在該種情況下，應當根據《個人所得稅法》的規(guī)定辦理，依法繳納個人所得稅。由于6月工資稅已經由A公司申報，但是由于計算漏了，需要重新計算，可先把計算漏了的部分款項由B公司從7月份的工資中劃出，按照A公司所申報的個人所得稅的稅率和金額補繳當月的個人所得稅；之后，B公司需要將此部分款項退回給員工，由員工自行與A公司協商賬務的處理。由A公司根據實際情況，申報未繳的個人所得稅，由稅務機關審核并給予處理結果。 拓展知識：個人所得稅法規(guī)定：企業(yè)職工及其他職業(yè)所得個人所得稅，按月應納稅額不得低于月應納稅所得額的20%。根據扣繳義務人的工資總額，按照稅率計算出應繳稅款。根據中國稅務總局的規(guī)定，個人所得稅的定繳工期，由當月的稅款所屬月份決定。一般情況下，當月發(fā)放的工資收入未達到稅款計算標準時，應在累計計算期內累計納稅。此外，個人應當按照規(guī)定，按月申報個人所得稅，將應納稅所得額報送稅務機關核定，并確定應繳稅款。