根據《城鎮居民社會保險條例》第十九條規定，界定社會保險正常繳費、暫停繳費、拖欠繳費、中斷繳費，自然人扣繳客戶端系統的相關操作，如果員工6月份離職，拖欠繳費，即一個在交社保，一個沒有交社保，那么需要將自然人扣繳客戶端系統中相關信息進行標識，轉入非正常，而不需要直接刪除。拓展知識：從2019年7月起，在社會保障管理部門向社會保險經辦機構出具的《社會保險繳費證明》，社會保險繳費政策出臺“社繳明細與雇主應繳明細”同步核對制度。