是的，在6月份發工資的情況下，一個員工補發的3月份的4000元錢必須申報，這里需要了解的是，因為補發的3月份的4000元工資已經納入了當月的應納稅所得額，所以要按照應納稅所得額的規定申報和繳納稅款，根據納稅人的身份一般要按月遞交納稅申報表和相應的財務憑證，并繳納應納稅款。稅收結算期確認后，還要做好稅收憑證備案，以備相關檢查時提供財務記錄，拓展知識：稅收憑證包括：發票，費用報銷憑證，增值稅專用發票，支出明細表，付款憑證，結算單據，收入結算單等。