（1）核算對象不同。事業(yè)單位會計，是各級各類事業(yè)單位核算、反映、監(jiān)督事業(yè)計劃執(zhí)行的會計。它不僅要核算預(yù)算資金的領(lǐng)取、創(chuàng)收、使用及執(zhí)行結(jié)果，又要核算經(jīng)營資金活動過程及其結(jié)果。而財政會計只核算預(yù)算資金的籌集、分配和執(zhí)行結(jié)果。 　　（2）會計結(jié)賬基礎(chǔ)不同。事業(yè)單位會計核算內(nèi)容，決定它的結(jié)賬基礎(chǔ)既采用“收付實現(xiàn)制”，又采用“權(quán)責(zé)發(fā)生制”。在同一個事業(yè)單位可同時采用兩種會計結(jié)賬基礎(chǔ)。對非成本核算的單位的預(yù)算資金收付，采用收付實現(xiàn)制。對實行成本核算的單位，則采用權(quán)責(zé)發(fā)生制作為會計結(jié)賬基礎(chǔ)。 　　（3）會計核算內(nèi)容不同。事業(yè)單位會計核算內(nèi)容較財政會計更廣，不僅要核算預(yù)算收支余超，用以考核事業(yè)單位預(yù)算資金使用效果，還要核算成本費(fèi)用，計算收益，以考核實行成本核算或有項目成本費(fèi)用核算單位在保證社會效益前提下，經(jīng)營資金使用效益水平。 　　（4）會計科目設(shè)置、會計報表種類不同。事業(yè)單位會計科目設(shè)置，必須根據(jù)事業(yè)單位財務(wù)管理要求，滿足會計核算需要，有利于加強(qiáng)事業(yè)單位管理。在會計科目設(shè)置上，既有預(yù)算資金收支科目，又有成本費(fèi)用科目。事業(yè)單位會計報表有經(jīng)營支出明細(xì)表、凈資產(chǎn)變動情況表等，而財政會計報表中無此表