（1）核算對象不同。事業單位會計，是各級各類事業單位核算、反映、監督事業計劃執行的會計。它不僅要核算預算資金的領取、創收、使用及執行結果，又要核算經營資金活動過程及其結果。而財政會計只核算預算資金的籌集、分配和執行結果。 　　（2）會計結賬基礎不同。事業單位會計核算內容，決定它的結賬基礎既采用“收付實現制”，又采用“權責發生制”。在同一個事業單位可同時采用兩種會計結賬基礎。對非成本核算的單位的預算資金收付，采用收付實現制。對實行成本核算的單位，則采用權責發生制作為會計結賬基礎。 　　（3）會計核算內容不同。事業單位會計核算內容較財政會計更廣，不僅要核算預算收支余超，用以考核事業單位預算資金使用效果，還要核算成本費用，計算收益，以考核實行成本核算或有項目成本費用核算單位在保證社會效益前提下，經營資金使用效益水平。 　　（4）會計科目設置、會計報表種類不同。事業單位會計科目設置，必須根據事業單位財務管理要求，滿足會計核算需要，有利于加強事業單位管理。在會計科目設置上，既有預算資金收支科目，又有成本費用科目。事業單位會計報表有經營支出明細表、凈資產變動情況表等，而財政會計報表中無此表