失控增值稅專用發票是指防偽稅控企業丟失被盜金稅卡中未開具的專用發票以及被列為非正常戶的防偽稅控企業未向稅務機關申報或未按規定繳納稅款的增值稅專用發票。
一、根據《國家稅務總局關于建立增值稅失控發票快速反應機制的通知》（國稅發〔2004〕123號）規定：“四、認證時失控發票和認證后失控發票的處理辦法認證系統發現的‘認證時失控發票’和‘認證后失控發票’經檢查確屬失控發票的，不得作為增值稅扣稅憑證。”
二、根據《國家稅務總局關于失控增值稅專用發票處理的批復》（國稅函〔2008〕607號）規定：“在稅務機關按非正常戶登記失控增值稅專用發票(以下簡稱失控發票)后，增值稅一般納稅人又向稅務機關申請防偽稅控報稅的，其主管稅務機關可以通過防偽稅控報稅子系統的逾期報稅功能受理報稅。
購買方主管稅務機關對認證發現的失控發票，應按照規定移交稽查部門組織協查。屬于銷售方已申報并繳納稅款的，可由銷售方主管稅務機關出具書面證明，并通過協查系統回復購買方主管稅務機關，該失控發票可作為購買方抵扣增值稅進項稅額的憑證。”
也就是說，屬于銷售方已申報并繳納稅款的，可由銷售方主管稅務機關出具書面證明，并通過協查系統回復購買方主管稅務機關，該失控發票可作為購買方抵扣增值稅進項稅額的憑證。
