保稅港區的諸多優惠政策不是對現行優惠政策的簡單疊加，而是從疊加中發揮更大的政策效應。
保稅港區是設立在國家對外開放的口岸港區和與之相連的特定區域內，它具有保稅區、保稅物流園和出口加工區“三區合一”的政策優勢，還兼備特有的口岸操作功能。
保稅港區可以存儲進出口貨物和其他未辦結海關手續的貨物、國際轉口貿易、國際采購、分銷和配送、國際中轉、檢測和售后服務維修、商品展示、研發、加工、制造、港口作業等功能，享受保稅區、出口加工區相關的稅收和外匯管理政策。
目前，保稅港區的諸多優惠政策不是對現行優惠政策的簡單疊加，而是從疊加中發揮更大的政策效應。即：境外貨物入港區保稅；貨物出港區進入國內銷售按貨物進口的有關規定辦理報關手續，并按貨物實際狀態征稅；國內貨物入港區視同出口，實行退稅；港區內企業之間的貨物交易不征增值稅和消費稅。
港區與境外的監管及稅收
港區海關對進、出口的貨物實行備案制管理，對從境外進入保稅港區的貨物予以保稅。
1.從境外進入港區的貨物，海關免征進口關稅和進口環節海關代征稅，主要包括：區內生產性的基礎設施建設項目所需的機器、設備和建設生產廠房、倉儲設施所需的基建物資；區內企業生產所需的機器、設備、模具及其維修用零配件；區內企業和行政管理機構自用合理數量的辦公用品。
2.從境外進入港區，供區內企業和行政管理機構自用的交通運輸工具、生活消費用品，海關按照有關規定征收進口關稅和進口環節海關代征稅。
3.從港區運往境外的貨物免征出口關稅，但法律、行政法規另有規定的除外。
港區與區外的監管及稅收
區外貨物進入港區的，按照規定簽發出口貨物報關單證（出口退稅專用聯）。
1.從區外進入港區，供港區內企業開展業務的國產貨物及其包裝物料、轉關出口的貨物，海關按照對出口貨物的有關規定辦理，簽發出口貨物報關單（出口退稅專用聯）。
2.從區外進入港區，供港區行政管理機構和區內企業使用的國產基建物資、機器、裝卸設備、管理設備、辦公用品等，海關按照對出口貨物的有關規定辦理，簽發出口貨物報關單（出口退稅專用聯）。
3.從區外進入港區，供港區行政管理機構和區內企業使用的生活消費用品和交通運輸工具，海關不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用聯）。
4.從區外進入港區的原進口貨物、包裝物料、設備、基建物資等，區外企業應當向海關提供上述貨物或者物品的清單，按照出口貨物的有關規定辦理申報手續，海關不予簽發出口貨物報 關單（出口退稅專用聯），原已繳納的關稅、進口環節海關代征稅不予退還。
5.區內貨物到區外進行各種加工、維修等活動，比照境外貨物進入境內辦理。
6.區外進入港區內的貨物，如需退運到區外的，屬于尚未辦理出口退（免）稅手續的，可以向港區主管海關辦理退運手續。
7.因不可抗力造成貨物損毀、滅失的部分貨物，可以退換為與損毀貨物相同或者類似的貨物，屬于尚未辦理出口退稅手續的，可以向港區主管海關辦理退運手續；屬于已經辦理出口退稅手續的，按照進境貨物運往區外的有關規定進行征稅。
港區與區域的監管及稅收
海關對于港區與其他海關特殊監管區域或者保稅監管場所之間往來的貨物，實行保稅監管，不予簽發出口貨物報關單（出口退稅專用聯）。
1.港區與其他海關特殊監管區域或者保稅監管場所之間的流轉貨物，不征收進、出口環節的有關稅收。
2.承運港區與其他海關特殊監管區域或者保稅監管場所之間往來貨物的運輸工具，應當符合海關監管要求。
港區內的監管及稅收
保稅港區內貨物可以自由流轉；港區內企業不實行加工貿易銀行保證金臺賬和合同核銷制度，海關對港區內加工貿易貨物不實行單耗標準管理。港區內企業加工、生產的貨物,凡屬于貨物直接出口和銷售給區內企業的,免征增值稅、消費稅；港區內企業出口到境外或國內的貨物,不予辦理退稅。
如果因保管不善等非不可抗力因素造成損毀、滅失的貨物，如是從境外進入港區的貨物，港區內企業應當按照一般貿易進口貨物的規定，按照海關審定的貨物損毀或滅失前的完稅價格，以貨物損毀或滅失之日適用的稅率、匯率繳納關稅、進口環節海關代征稅；如是從區外進入港區的貨物，港區內企業應當重新繳納因出口而退還的國內環節有關稅收，海關據此辦理核銷手續，已繳納出口關稅的，不予以退還。
出口退（免）稅的辦理
對于區外企業進入保稅港區享受出口退（免）稅的貨物，具體申報應比照《國家稅務總局關于洋山保稅港區等海關監管特殊區域有關稅收問題的通知》（國稅函〔2006〕1226號）、《國家稅務總局關于印發〈出口加工區稅收管理暫行辦法〉的通知》（國稅發〔2000〕155號）、《國家稅務總局關于出口加工區耗用水、電、氣準予退稅的通知》（國稅發〔2002〕116號）和《國家稅務總局關于蕪湖出口加工區基建物資出口退稅的批復》（國稅函〔2004〕805號）的規定執行，享受出口加工區的稅收政策。