企業在生產經營中，不免會發生各種情況的存貨損失。根據《增值稅暫行條例》規定，非正常損失的購進貨物和非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務的進項稅額都不得從銷項稅額中抵扣，已經抵扣的進項稅應予轉出。而存貨損失是否可以作進項稅轉出，在實際操作中關鍵是要把握對非正常損失的界定。
《增值稅暫行條例》國務院令2008年第538號第十條規定了以下幾種情形的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：
（一）用于非增值稅應稅項目、免征增值稅項目、集體福利或者個人消費的購進貨物或者應稅勞務；
（二）非正常損失的購進貨物及相關的應稅勞務；
（三）非正常損失的在產品、產成品所耗用的購進貨物或者應稅勞務；
（五）本條第（一）項至第（四）項規定的貨物的運輸費用和銷售免稅。
對照以上規定可以看出，增值稅進項稅額轉出核心問題是正確區分和判斷正常損失與非正常損失，這個問題明確了，才能正確處理正常損失與非正常損失的進項稅及進項稅轉出。因而，對“非正常損失”界定更為重要。
《增值稅暫行條例實施細則》（財政部、國家稅務總局令2008年第50號）第二十四條條例第十條第（二）項所稱非正常損失，是指因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失。該規定對需要做進項稅額轉出的非正常損失給了限制性解釋，僅列舉了“因管理不善造被盜、丟失、霉爛變質的損失”三種情形。
那么，企業在生產經營中哪些存貨損失屬于增值稅規定中所稱的“非正常損失”呢？
首先，由于國家產業政策和市場因素，導致貴公司存貨發生價值減少，實際貨物并未損失，這種情形也理解為“價損”。
價損的原因不是企業本身所能把控。如，前幾年國家就規定停止使用的“塑料餐盒”，因此，其所發生的損失，不應界定為是管理不善，其進項稅額無須做轉出的處理。這樣處理的主要依據是：《國家稅務總局關于企業改制中資產評估減值發生的流動資產損失進項稅額抵扣問題的批復》（國稅函[2002]1103號）規定，“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十一條規定：非正常損失是指生產、經營過程中正常損耗外的損失。對于企業由于資產評估減值而發生流動資產損失，如果流動資產未丟失或損壞，只是由于市場發生變化，價格降低，價值量減少，則不屬于《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》中規定的非正常損失，不作進項稅額轉出處理。”
這里需要注意的是，《增值稅暫行條例》2009年1月1日起實施后，對上述規定進行了修訂。《國家稅務總局關于修改若干增值稅規范性文件引用法規規章條款依據的通知》（國稅發[2009]10號）明確規定，自2009年1月1日起將此條中“《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十一條規定：‘非正常損失是指生產、經營過程中正常損耗外的損失’”修改為 “《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》第二十四條規定，非正常損失是指因管理不善造成被盜、丟失、霉爛變質的損失。”
第二，對有保質期的貨物，假如沒有保質期約束，其貨物仍可繼續使用，就不存在自行需要處理掉的問題。超過保質期存貨不僅是出于質量管理的要求，而且這類存貨往往都是關系人身安全，如食品、藥品等，同時國家相關部門對此也做出嚴格的保持期限。對于這種情況下的存貨損失，其進項稅額的處理也不屬于管理不善。對此，國家尚無統一的稅收政策，但安徽省曾經請示國家稅務總局后，做出這樣的解釋：《安徽省國家稅務局關于若干增值稅政策和管理問題的通知》（皖國稅函[2008]10號）一、關于存貨進項稅額轉出問題：“（二）納稅人因庫存商品已過保質期、商品滯銷或被淘汰等原因，將庫存貨物報廢或低價銷售處理的，不屬于非正常損失，不需要作進項稅額轉出處理。”
第三，存貨由于未到保質期而發生損失，通常情況下是與采購計劃盲目、貨物采購質量、驗收人、生產過程等多因素相關，這些現象不能排與除管理責任有關，極有可能都會被稅務機關認定為非正常損失。如能提供證明與管理不善無關的證據，被稅務機關認可的，可不做非正常損失處理。
通過上述分析，筆者認為，對于處理一些可能不完全符合《增值稅暫行條例》及實施細則中所說生產經營中的合理損耗（一般是指工藝損耗或保管中的自然揮發等合理的自然損耗），要注意收集符合客觀情況的證據，以減少被認定為非正常損失的可能。
