公司治理狀況、管理人員的非市場化以及利益沖突，決定了國有控股上市公司股權激勵的復雜性。《國有控股上市公司（境內）實施股權激勵試行辦法》（下稱《辦法》）正式頒布。對國有控股上市公司的界定，是指政府或國有企業（單位）擁有50％以上股本或實際控制權，以及持有股本的比例雖然不足50％，但依其持有的股份所享有的表決權已足以對股東大會的決議產生重大影響的上市公司。國資委對實際控制權的解釋是，能夠支配一個企業的財務和經營政策，并以此從企業經營活動中獲取利益的權利。

　　國有控股上市公司股權激勵問題之一是股票來源的問題。《辦法》明確規定，“實施股權激勵計劃所需標的股票來源，可以根據本公司實際情況，通過向激勵對象發行股份、回購本公司股份及法律行政法規允許的其他方式確定，但不得由單一國有股股東支付或無償量化國有股權。” G中信披露的首次股權激勵計劃分步實施方案共分配了2216.3116萬股激勵股票，其余783.6884萬股系中央及地方國資委管理的28家國有企業出讓的股份，由于目前尚未獲得國資委批復，該部分股權暫存于中信集團賬戶內。

　　而備受爭議的伊利股權激勵方案規定，伊利第一步股權激勵計劃是向激勵對象提供1200萬股股票，當2006年、2007年公司凈利潤增長率大于或等于17％時，該部分激勵股票即為激勵對象所有，而且無需支付任何成本。 上述1200萬股激勵股票中有503.64萬股來自呼和浩特投資有限責任公司。呼和浩特投資有限責任公司是公司控股股東，其實際控制人是呼和浩特市政府。可見，伊利是典型的國有控股上市公司，實施股權激勵屬于《試行辦法》規范的范疇。 “雖然伊利的激勵股票不是由單一國有股股東支付，但其中很大一部分來自國有股股東，而且還進行了無償量化，因此涉嫌國資嚴重流失。”有專家分析說。

　　國有控股上市公司股權激勵問題之二是激勵對象的確定問題。由于許多國有控股公司并非整體上市，集團公司與上市公司的管理層中哪些人應當被激勵，往往攙雜太多的利益考量。《辦法》規定，母公司（控股公司）的負責人，在上市公司兼任職務者可以享受股權激勵，但只能參與一家上市公司的股權激勵計劃。亦不乏一人同時在數家上市公司任職的情況，這就存在著利益沖突的可能。比如通過一家上市公司向另一家上市公司輸送利益的辦法，提升后者股價。

　　國有控股上市公司股權激勵問題之三是如何衡量和考核管理層努力對上市公司業績的影響。清華大學經濟管理學院教授朱武祥認為，國有企業需具體分析其剩余價值來源。競爭型企業的剩余不完全是由國有資本帶來的，籠統以國有資產不能流失來反對或推遲對管理層乃至全體員工的激勵，是不科學的；壟斷性行業則無需或暫緩股權激勵，因其業績與管理層關系不大。

　　國有控股上市公司股權激勵問題之四是如何對高級管理人員個人股權激勵預期收益水平予以確定。《辦法》規定高級管理人員個人股權激勵水平應控制在其薪酬總水平（含預期的期權或股權收益）的30%以內。按照這個規定，如果期權激勵占薪酬總水平80％時的預期市價為8元，但是在實際執行期權時市價是10元。此時，管理層一定會執行該期權，而且執行該期權時可以獲得單位額外收益2元。在這種情況下，管理層股權激勵超過了《辦法》的規定，公司應當如何解決？