一、存在的問題：

　　(1)會計科目體系不完善。主要表現在事業單位接受的投資無法客觀、真實地得到反映。目前，事業單位接受其他企事業單位對其投資的經濟業務越來越頻繁，既有貨幣投資，又有技術、設備、材料等投資。如新疆庫爾勒市一部分中小醫院為了提高自身的技術力量和競爭能力，主動與省級技術力量強、信譽好的大型醫療單位合作，接受大型醫療單位技術、設備投資，但接受投資的醫院只能將外單位投入的資金、設備和技術記在“其它應付款”、“預收帳款”等負債類科目中，無法正確反映這些經濟業務的真實面貌。

　　(2)某些會計科目的核算內容不全面。主要表現在對外投資的會計核算上。《制度》中的"對外投資。會計科目只對外投資的帳務處理作了明確的規定，而對投資回收的核算內容沒有明確。聯營投資占事業單位對外投資的比重較大，聯營實體解體后以固定資產、材料、產成品等收回投資的情況屢見不鮮，顯然《制度》對收回投資沒有作出帳務處理上的統一規定，將影響事業單位對外投資的考核和監督。另外，投資收回的資產計量、計價無統一標準，隨意性大，還將導致事業單位資產不實，家底不清。

　　(3)某些會計科目的核算方法不妥當。主要表現在“固定資產”、“其它收入”等科目的核算上。 

　　二、解決問題的方法：

　　(1)完善科目體系，在凈資產類科目中增設“接受投資”或“實收投資”科目，專門核算事業單位接受外單位投資形成的企業凈資產。

　　(2)修改充實“對外投資”科目的核算內容，增加以貨幣資金、材料、固定資產等收回投資的核算內容。

　　(3)修改規范某些會計科目的核算方法。在提取“修購基金”增加凈資產的同時，按相同金額減少“固定基金”，這時就要增設“累計折舊”科目作為“固定資產”科目的備抵科目。

　　(4)改革“其它收入”科目的核算方法，使《事業單位會計制度》與預算外資金管理的政策、法規相一致。事業單位收到的“國有資產有償使用增值收入”即房租、利息等收入和“接受捐贈收入“”，應借記“銀行存款”等科目，貸記“應繳財政專戶款”科目，上繳財政專戶時，作相反會計分錄。財政按規定返還后再借記“銀行存款“科目，貸記“其它收入“科目。 

　　若是既有收費基金收入，又有其它收入的單位則應設置輔助帳，按收入項目分別登記繳入財政專戶明細帳。這樣核算才能使《事業單位會計制度》與預算外資金管理的政策、法規相統一，既防止了單位預算外資金的體外循環，又增強了財政管理和監督的職能。