國庫集中收付制度的實行增加了財政宏觀調控能力，如何結合會計委派制集中核算的業務特點，使會計核算中心的賬務處理方法科學化、規范化成為關鍵。

　　一、本級財政部門統一調度會計核算中心資金的賬務處理

　　本級財政國庫管理部門根據財政資金的儲備情況調用會計核算中心（某些地方稱“會計工作站”）“基本戶”銀行存款，需出具合法的批件和收款收據。會計核算中心建立獨立的核算體系，真實記錄與本級財政國庫管理部門發生的資金往來，代理單位的銀行存款數額則不發生變動。

　　調出時，

　　借：暫付款——財政國庫部門——明細科目（行政單位）

　　    其他應收款——財政國庫部門——明細科目（事業單位）

　　   貸：銀行存款—會計站基本戶

　　調入時，作反方向會計分錄。

　　二、本級財政國庫管理部門根據各會計工作站備用金實有數，核撥部門預算款項的賬務處理

　　1.本級財政國庫管理部門撥入部門指標款時（資金沒有發生空間位置轉移），入賬依據有單位收款收據、部門預算和預算審批表。

　　行政單位會計分錄：

　　借：暫付款——財政國庫部門——明細科目

　　   貸：撥入經費——經常性經費

　　              ——專項經費

　　       預算外資金收入

　　事業單位會計分錄：

　　借：其他應收款——財政國庫部門——明細科目

　　   貸：財政補貼收入

　　       撥入專款

　　       事業收入——財政專戶撥款

　　2.發生支出項目交由本級財政國庫管理部門直接支付時，入賬依據有發票、合同和工資表等。

　　行政單位會計分錄：

　　借：經費支出——經常性支出

　　           ——專項支出

　　    預算外支出

　　   貸：暫付款——財政國庫部門

　　            ——明細科目

　　屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金。

　　事業單位會計分錄：

　　借：事業支出

　　    專款支出

　　   貸：其他應收款——財政國庫部門——明細科目

　　屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金

　　3.授權會計核算中心支付時，入賬依據有發票、合同和其他支出資料等。

　　行政單位會計分錄：

　　借：經費支出——經常性支出

　　           ——專款支出

　　    預算外支出

　　   貸：銀行存款——基本戶存款

　　屬于固定資產的借固定資產，貸固定基金。

　　事業單位會計分錄：

　　借：事業支出

　　    專款支出

　　   貸：銀行存款——基本戶存款

　　4.本級財政國庫管理部門通過銀行劃入上述部門預算指標款項時

　　借：銀行存款——基本戶存款

　　   貸：暫付款——財政國庫部門

　　             ——明細科目

　　       其他應收款——財政國庫部門——明細科目（事業單位）