新用戶掃碼下載不同稅率的總分機構如何計算應納稅額？
問：我公司是一家注冊于無錫市錫山區的合資企業，在中國其他地區還設有四家分支機構（分別設于上海/北京/廣州/深圳），其中深圳分公司享有18%的特區優惠稅率，即四家公司實行25%的稅率，一家公司實行18%的稅率。根據國稅發[2008]28號關于印發《跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法》的通知第十六條，關于總分機構處于不同稅率地區，應先由總機構統一計算全部應納稅所得稅額，然后依照本辦法的規定及相應權重比率計算劃分不同稅率機構的應稅所得額，再分別按總分機構適用稅率計算應納所得稅額。
由于年終匯算清繳時，僅由總機構進行匯總納稅企業的年度匯繳。因此請問，上述第十六條辦法所規定的不同稅率總分機構分別計算應稅所得額及應稅額是僅指季度預繳？還是說年終匯算清繳也一并適用？如此條辦法不適用于年終匯算清繳，那請問像我深圳分公司是否在年終應稅所得額進行納稅調整后就無法繼續享受國家過渡期優惠稅率的政策？
答：《國家稅務總局關于跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理若干問題的通知》（國稅函[2009]221號）關于總分支機構適用不同稅率時企業所得稅款計算和繳納問題規定，預繳時，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后按照國稅發[2008]28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額，再分別按各自的適用稅率計算應納稅額后加總計算出企業的應納所得稅總額。再按照國稅發[2008]28號文件第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，向總機構和分支機構分攤就地預繳的企業所得稅款。匯繳時，企業年度應納所得稅額應按上述方法并采用各分支機構匯算清繳所屬年度的三因素計算確定。
除《國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策的通知》（國發[2007]39號）、《財政部、國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅[2008]1號）和《財政部、國家稅務總局關于貫徹落實國務院關于實施企業所得稅過渡優惠政策有關問題的通知》（財稅[2008]21號）有關規定外，跨地區經營匯總納稅企業不得按照上述總分支機構處于不同稅率地區的計算方法計算并繳納企業所得稅，應按照企業適用統一的稅率計算并繳納企業所得稅。
《國家稅務總局關于印發〈跨地區經營匯總納稅企業所得稅征收管理暫行辦法〉的通知》第三條規定，企業實行“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的企業所得稅征收管理辦法。
第六條規定，就地預繳，是指總機構、分支機構應按本辦法的規定，分月或分季分別向所在地主管稅務機關申報預繳企業所得稅。
第七條規定，匯總清算，是指在年度終了后，總機構負責進行企業所得稅的年度匯算清繳，統一計算企業的年度應納所得稅額，抵減總機構、分支機構當年已就地分期預繳的企業所得稅款后，多退少補稅款。
第十六條規定，總機構和分支機構處于不同稅率地區的，先由總機構統一計算全部應納稅所得額，然后依照本辦法第十九條規定的比例和第二十三條規定的三因素及其權重，計算劃分不同稅率地區機構的應納稅所得額后，再分別按總機構和分支機構所在地的適用稅率計算應納稅額。
根據上述規定，國稅發[2008]28號文第十六條的規定適用于季度預繳及年終匯算清繳。但只有國發[2007]39號、財稅[2008]1號和財稅[2008]21號文中有關規定存在跨地區經營匯總納稅企業總分支機構適用不同稅率的情況，并按上述總分支機構處于不同稅率地區的計算方法計算并繳納企業所得稅，其他均應按照企業法人適用統一稅率計算并繳納企業所得稅。
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