自2000年以來，國家出于鼓勵企業安裝使用防偽稅控系統，適當減輕企業經濟負擔的考慮，相繼制定出臺了若干稅收優惠政策，主要有：

　　1、自2000年1月1日起，對企業購置防偽稅控系統專用設備和通用設備而發生的費用，準予在當期計算繳納所得稅前一次性列支；同時可憑購貨取得的專用發票上所注明的稅額從增值稅銷項稅額中進行抵扣。這里所稱“防偽稅控系統專用設備”是指開票金稅卡、稅控IC卡及讀卡器；通用設備包括用于防偽稅控系統開具專用發票的計算機、打印機。

　　2、自2001年7月1日起，對一般納稅人丟失防偽稅控專用發票抵扣聯的，可憑銷貨單位所在地主管國稅機關出具的“丟失防偽稅控開具增值稅專用發票已抄報稅證明單”以及對應存根聯復印件，經審核符合條件后，可予以抵扣進項稅額。

　　3、自2002年4月起，對已使用防偽稅控系統但年應稅銷售額未達到規定標準的一般納稅人，在年審時，如其會計核算健全，且沒有虛開專用發票或偷、騙、抗稅等情形的，不再取消其一般納稅人資格。