一、現行稅收優惠政策對高新技術產業的促進力度不足

　　1、稅收優惠政策的目標不明確，缺乏系統性和指導性。作為促進科技發展的稅收政策應該有其明確的政策目標，而不應是各項稅收優惠措施的簡單羅列。

　　但現行稅收優惠政策的目標不明確，具體表現在：通過稅收優惠來支持和鼓勵哪些方面的科技發展缺乏傾向性，在如何協調發展基礎理論研究和應用技術研究、發展高新技術和改革傳統技術等方面稅收政策目標不清晰。例如，外國主要是對高科技的開發和研究進行稅收優惠，而我國則沒有這種導向性的科技稅收優惠措施，缺少針對具體的科技開發活動及項目的優惠，促使企業只關心科技成果的應用，而不注重對科技開發的投入。

　　2、稅收優惠政策的覆蓋面太窄。現行的科技稅收優惠政策主要是針對高新技術開發區的企業和外企，而對高新技術開發區以外的企業，幾乎是不存在對科技發展及研究的稅收優惠，同時，對只要處在高新技術開發區里的企業，不管是否是高新技術企業都實行稅收優惠政策，減按15％稅率征收企業所得稅，從而不能充分實現稅收的引導、激勵作用，體現不出稅收優惠力度。對高新技術開發區的企業只規定減稅開始日期，沒有規定減稅停止日期，這樣不利于企業創新機制的建立，不利于企業增加對科技開發的投入。此外，不同時期批準成立的高新技術開發區稅收優惠政策有所不同，造成政策性差異。

　　3、稅收優惠方式比較單一。對高新技術產業的稅收優惠主要是所得稅優惠，而很少涉及流轉稅的優惠，以致于稅收優惠的效果不是很好。并且對高新技術的優惠僅限于稅率減少和稅額的減免，而在R＆D費用扣除、固定資產折舊、投資減免、延期納稅，對高新技術產業免征固定資產投資方向調節稅等方面缺乏實質性的優惠。

　　4、為了促進本地區經濟的發展，地方政府各自為政，紛紛出臺土政策，致使高新技術產業地區分布不均衡。例如：北京、上海、廣東以及其他沿海省份，由于地區經濟發達，能夠籌措足夠的地方財政收入，對從高新技術企業征收的增值稅中留于地方財政的25％稅款，部分或全部通過財政返還給企業。更有甚者，由于集體企業、私營企業的企業所得稅由地方稅務機關征收，這些經濟發達省份就對屬于這類性質的高新技術企業免征5年或更長年限的企業所得稅。通過這些稅收優惠措施，以吸引大量高新技術企業來本地區落戶。而內陸經濟不發達地區，由于自身財力的限制，根本無法實施同樣的地方稅收優惠，致使高新技術產業向經濟發達地區傾斜，從而使得地區經濟發展不平穩的狀態更加加劇。

　　二、現行稅收制度設計不適應科技進步的要求

　　1、現行增值稅類型造成高新技術企業（不含軟件行業）稅負過重。從高新技術產品的物化勞動來看，高新技術產業資本有機構成高，所使用的生產設備和勞動工具技術含量高，成本價值大，而且更新快。按現行的“生產型”增值稅規定，生產設備和勞動工具中作為固定資產核算的部分，購進時的大量進項稅額不能抵扣，這不僅使產品成本中包含了固定資產轉移價值（折舊費）的進項稅金，造成重復征稅，不利于產品在市場上特別是在國際市場上的競爭，而且加重了高新技術企業稅負。

　　2、軟件行業的稅負仍顯得過重。在去年召開的全國科技創新大會上，制定了對軟件行業征收6％的增值稅，以促進軟件行業的發展。但即便如此，軟件行業的稅負仍然很重。因為軟件的生產比較特殊，需要大量的人力資本、科技費用、先進的技術裝備等，花費的資本比較大，實行征收6％的增值稅的規定，稅率制定顯得過高，不利于軟件行業的發展。

　　3、現行確認銷售收入原則使高新技術企業提前墊付稅款，從而間接加重了企業負擔。按照現行增值稅確認銷售收入的原則，高科技產品發出后，就應視為銷售實現繳納增值稅，而高新技術企業的產品銷售比較特殊，它包括存貨發出、貨物的安裝、調試、維護、升級甚至退貨改進等諸多環節，銷售實現時間比較長，貨款的回收時間少則幾個月，多則幾年。如果貨物一發出就視作銷售，企業不僅要墊付研制生產科技產品的成本，而且還要提前墊付稅款，擠占企業流動資金，使企業無力投入更多的資金從事科技開發。

　　4、高新技術產業稅前列支不合理，名義利潤與實際利潤差距大，影響企業的發展。高新技術產業的技術開發具有高投入、高產出、高智力、高風險、高競爭的特點，而根據現行企業所得稅法規定，無論是高新技術企業（軟件行業是一個例外）還是一般企業，對計稅工資列支、技術性無形資產攤銷、生產設備折舊實行統一的列支辦法，不利于鼓勵高新技術企業不斷創新。我國稅法規定的計稅月工資是550/人，而在現實生活中，為了吸引高科技人員，企業常常給這些人員支付高薪，從而造成應納稅所得額虛增，間接增加企業的負擔。據我們調查的30家高新技術企業，人均工資每年達3萬元～5萬元，占產品成本的19. 6％，高出計稅工資每年6600元扣除標準的4倍～7倍。高新技術企業不僅要支付巨額工資費用，在繳納稅款時，還須補繳33％的稅款，致使企業稅負加重，使得企業實際利潤率下降。

　　5、對于高科技人員的稅收優惠措施不多。由于培養一個高科技人員的時間長、花費多，這就使得企業必須支付高薪給高科技人才，這樣才能吸引高科技人才到本企業來工作。而我國現行的稅收政策中，對高科技人才的收入并沒有真正的個人所得稅優惠，致使高科技人才的工作積極性不高，也使得大量人才流向海外，尤其是對高科技人才由于創新發明所獲收入更是缺乏稅收優惠，對高科技人才的“技術入股”問題也沒有得力的稅收措施，這就不利于提高科技人才的工作積極性。

　　三、某些稅收管理思想和方法不適應高新技術企業發展

　　1、一般納稅人認定標準“一刀切”，阻礙了中、小型高新技術企業的發展。

　　按現行稅收法規規定，工業企業要獲得一般納稅人資格，其年銷售額必須達到1 00萬元以上，一部分高新技術企業因產品開發周期長，在其小批量生產或起始階段就達不到一般納稅人標準，無法取得和使用專用發票。與一般納稅人進行貨物交易時，須到稅務機關按17％代開專用發票，由于不準抵減應繳增值稅，企業需承擔占銷售收入20％多的稅負。從而影響了高新技術企業投資生產的積極性，阻礙了中、小型企業的發展。

　　2、申報納稅的審核過于繁瑣。

    在納稅人申報增值稅時，稅務人員逐張審核抵扣憑證，憑“已申報抵扣”章抵扣，沒有給企業一個自行申報的空間，稽查發現抵扣憑證存在問題，也難以分清責任，不僅加大了征管工作的難度，而且讓企業沒有自覺申報納稅的責任感，不利于培養和強化企業的納稅意識。

　　3、少數高新技術產品征管權的界定不明確，對高新技術產業的干擾較大。

　　這主要體現在征收企業所得稅上，由于對高新技術企業的所屬性質劃分不清，即對高新技術企業是屬于國有、私營、集體企業的認定不一，又因為不同企業性質的企業所得稅分別由國稅、地稅征收，這樣就造成國稅、地稅互相扯皮、爭搶稅源的現象，最終嚴重干擾了這類高新技術企業的正常生產經營，甚至增加其稅負。