金稅工程由4個(gè)子系統(tǒng)組成。它們是對(duì)增值稅一般納稅人全面實(shí)施的防偽稅控開票系統(tǒng)，稅務(wù)部門建立的發(fā)票認(rèn)證系統(tǒng)，計(jì)算機(jī)稽核子系統(tǒng)和發(fā)票協(xié)查子系統(tǒng)。在4個(gè)子系統(tǒng)的聯(lián)合作用下，通過覆蓋全國的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)實(shí)現(xiàn)稅務(wù)機(jī)關(guān)對(duì)企業(yè)開具增值稅發(fā)票和納稅狀況的嚴(yán)密監(jiān)控。

    防偽稅控開票子系統(tǒng)是運(yùn)用數(shù)字密碼和電子信息存貯技術(shù)，通過強(qiáng)化增值稅專用發(fā)票的防偽功能，監(jiān)控企業(yè)的企業(yè)的銷售收入，解決銷項(xiàng)發(fā)票信息真實(shí)性問題的計(jì)算機(jī)管理系統(tǒng)。該系統(tǒng)適用于增值稅一般納稅人。

    防偽稅控認(rèn)證子系統(tǒng)可以對(duì)增值稅一般納稅人申請(qǐng)抵扣的增值稅專用發(fā)票抵扣聯(lián)進(jìn)行解密還原認(rèn)證，及時(shí)發(fā)現(xiàn)假票，并解決進(jìn)項(xiàng)發(fā)票的信息真實(shí)性問題。

    計(jì)算機(jī)稽核子系統(tǒng)主要是進(jìn)行發(fā)票信息交叉稽核和申報(bào)信息稽核。該系統(tǒng)可以及時(shí)發(fā)現(xiàn)購貨方已申報(bào)抵扣但銷貨方未申報(bào)抵扣的增值稅發(fā)票，并動(dòng)態(tài)監(jiān)測(cè)企業(yè)納稅情況。

    發(fā)票協(xié)查子系統(tǒng)可以對(duì)有疑問的發(fā)票或是已證實(shí)屬虛開的增值稅專用發(fā)票，進(jìn)行調(diào)查處理。國家稅務(wù)總局可以通過該系統(tǒng)對(duì)協(xié)查工作進(jìn)行監(jiān)督和管理，提高增值稅專用發(fā)票協(xié)查速度和恢復(fù)率，確保查處工作的質(zhì)量。

    以上4個(gè)系統(tǒng)相互配合運(yùn)行的簡(jiǎn)易流程如下：銷貨企業(yè)利用防偽開票子系統(tǒng)開出發(fā)票（計(jì)算機(jī)打印），計(jì)算機(jī)自動(dòng)產(chǎn)生發(fā)票存根聯(lián)，在打印發(fā)票的同時(shí)，將發(fā)票上的主要數(shù)據(jù)（發(fā)票代碼、發(fā)票號(hào)碼等）進(jìn)行加密，形成一組密碼，并自動(dòng)打印在發(fā)票上，銷貨企業(yè)將發(fā)票的發(fā)票聯(lián)、抵扣聯(lián)交給購貨企業(yè)。購貨企業(yè)將發(fā)票抵扣聯(lián)交給稅務(wù)部門進(jìn)行防偽認(rèn)證（使用掃描儀將發(fā)票圖案掃描到計(jì)算機(jī)中，由智能軟件識(shí)別出發(fā)票密碼，再由密碼系統(tǒng)將密碼還原成參與加密的數(shù)據(jù)，并與發(fā)票票面信息數(shù)據(jù)一一對(duì)比，結(jié)果一致的是真票），認(rèn)證結(jié)果證明發(fā)票抵扣聯(lián)有問題的，稅務(wù)部門將抵扣聯(lián)交給協(xié)查子系統(tǒng)，進(jìn)行調(diào)查；如果認(rèn)證結(jié)果證明是真票的，稅務(wù)部門將抵扣聯(lián)交至稽核系統(tǒng)，由稽核系統(tǒng)將抵扣聯(lián)和防偽開票系統(tǒng)中自動(dòng)生成的存根聯(lián)進(jìn)行對(duì)照，看是否一致，如果一致，則購貨企業(yè)可以憑票抵扣稅款，如果不一致，則不允許抵扣，并由稽核子系統(tǒng)將發(fā)票抵扣聯(lián)交至協(xié)查子系統(tǒng)進(jìn)行調(diào)查。