存貨的盤虧等損失的進項稅額是可抵扣的，不能抵扣的是指非正常損失的購進貨物。《中華人民共和國增值稅暫行條例》第十條規(guī)定：“下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中抵扣：……（五）非正常損失的購進貨物；（六）非正常損失的在產(chǎn)品、產(chǎn)成品所耗用的購進貨物或應稅勞務。”《增值稅暫行條例實施細則》第二十一條對“非正常損失”作如下解釋：“指生產(chǎn)經(jīng)營過程中正常損耗外的損失，包括：

　　（一）自然災害損失；

　　（二）因管理不善造成貨物被盜竊、發(fā)生霉爛變質(zhì)等損失；

　　（三）其他正常損失。

　　何謂“正常損耗”，應是制訂有損耗定額的合理損耗，如液體貨物和易碎物品的自然損耗、受氣候影響的某些貨物的季節(jié)性損耗等，其他按件計量的貨物不應當有正常損耗。超定額損耗和存貨的盤虧、報廢、毀損等屬于非正常損失，其進項稅額不能從銷項稅額中抵扣，因為這部分貨物未形成新的產(chǎn)品出售取得銷項稅額，是企業(yè)管理不善造成的一項損失，應由企業(yè)承擔，在會計處理時應作如下分錄：

　　借：待處理財產(chǎn)損溢——待處理流動資產(chǎn)損益

　　    貸：原材料（帳面成本）

　　        在產(chǎn)品（帳面成本）

　　        產(chǎn)成品（帳面成本）

　　        應交稅金——應交增值稅（進項稅額轉(zhuǎn)出）（在產(chǎn)品、產(chǎn)成品的進項稅額均指相應原材料的進項稅額。）