1.系統初始化設置工作有差異。手工會計的初始化工作包括建立會計科目，開設總賬，登錄余額等；會計電算化的初始化設置工作則較為復雜。 2.科目的設置和使用上存在差異。在手工會計中，將賬戶分設為總賬和明細賬，明細賬大多僅設到三級賬戶；科目的設置和使用一般都僅為中文科目。而在會計電算化中，有的財務軟件將科目的級數設置到6級以上，除設置中文科目外，還設置與之對應的科目代碼，但在顯示打印時，一般都將中文科目和與之對應的科目代碼同時顯示。 3.賬務處理程序上存在差異。手工會計采用不同的會計核算形式，常用的有記賬憑證核算形式、科目匯總表核算形式、匯總記賬憑證核算形式、日記賬核算形式等.而在會計電算化中常用的是日記賬文件核算形式和憑證文件核算形式. 4.賬簿格式存在差異。在手工會計中，賬簿的格式分為訂本式、活頁式和卡片式三種,現金日記賬、銀行存款日記賬和總賬必須采用訂本式賬簿。而在計算機會計系統中,由于受到打印機的條件限制,不太可能打印出訂本式賬簿。