那它這個費用由哪個機關承擔呢？

因查封、扣押發生的保管費用由行政機關承擔。

我是說對于這題中情況，由哪個具體的部門承擔？

針對A所說的情況是公司自己承擔。這里法律規定的是因查封、扣押發生的保管費用由行政機關承擔。注意是保管費用，此時才是行政機關承擔。這里A并不是這里所說保管費用，所以不是行政機關承擔。