貨代公司將國內段的車輛運輸費、報關費、訂艙費、碼頭費全部開成“經紀代理服務*代理國際運費”并且稅率為免稅是存在問題的。 首先，根據相關規定，國際貨物運輸代理服務開具免稅發票時，應僅針對國際海運費用部分。而國內段的車輛運輸費、報關費、訂艙費、碼頭費等，并不屬于國際海運費用，因此不應享受免稅待遇。這些費用通常應按照國內相關稅法規定，開具相應稅率的發票。 其次，將不同性質的費用混淆在一起并統一開具為免稅發票，可能導致稅務合規風險。稅務機關在核查時，可能會對這些發票的真實性、合規性產生質疑，進而對企業進行稅務稽查。如果企業無法提供合理的解釋和證明，可能會面臨稅務處罰。 此外，使用“供應鏈管理有限公司”的抬頭開出此類發票，也需要確保該公司的經營范圍和實際業務相符。如果該公司并不具備提供國際貨物運輸代理服務的資質，或者其經營范圍并不包括所開具發票中的服務項目，那么這種行為可能構成虛開發票，進一步增加稅務和法律風險。