總公司的發票不能在分公司做賬。

1.獨立核算定義：指分公司對本單位的業務經營活動過程及其成果進行全面、系統的會計核算，具有獨立的組織形式和資金，并能同其他單位訂立經濟合同，單獨計算盈虧，設置獨立的會計機構并配備會計人員。

2.發票處理規定：分公司需取得付款人為分公司的發票入賬，總公司的發票不能直接用于分公司的賬務處理。

3.特殊情況：如果分公司與總公司之間進行交易，并且是按照市場公允價格進行的，那么在獨立核算的情況下，分公司與總公司可以相互開具發票，并各自進行匯算清繳。