那這個水電費的差額怎么處理？

因為電費是開給我們公司的（按13%），但是我們要把電費發票直接開給其它公司也不行，沒得資質。所以直接開到不動產租賃發票里面，這樣可以吧？（合同有約定電費）。但是這個差額就沒法補了

我明白你的意思，關于電費差額的那4%的稅差，我只能給你一個我們的實際案例：我們的充電樁公司，就是路邊新能源車充電站，我們最主要的進項就是13%的電費，但是加盟的電站給我們開不了13%，我們就是每個季度，按照差的稅額，讓對方開一張服務發票。所以你們的情況都是協商的結果，實際中只要能解決問題就行了，沒有統一的標準。