個人銷售農副產品給公司并開具免稅發票，通常指的是增值稅免稅。但個人所得稅的征收與增值稅是兩個不同的稅種。即使增值稅免稅，個人所得稅仍可能需要繳納，具體是否需要繳納個人所得稅取決于所得的性質及金額是否達到納稅標準。