我能從每個月工資他的工資扣吧

如果指的是從員工的工資中扣除個人所得稅，這是標準做法。公司需要按照國家規定的稅率從員工工資中扣除個人所得稅，并按時代繳給稅務機關。這部分稅款不應計入公司的費用，而是作為代扣代繳的稅收處理。

我意思是他的分紅個稅，公司先幫他交了，40萬，但他每個月有2萬工資，我想以后每個月都扣不發工資給他了（這部分工資也是扣了工資個稅社保的工資），在用來抵他個分紅的個稅

如果公司已經代繳了股東的分紅個稅，而想通過減少其工資發放來抵扣這部分稅費，這種做法在會計和稅務處理上需要謹慎操作。理論上，工資和分紅是兩個不同性質的收入，各自有不同的稅務處理方式。你可以將已代繳的個稅記為股東應付款項，然后通過減少發放的工資逐步抵消這個應付款項。但務必保證所有操作符合稅務法規，并在會計記錄中清晰反映這一處理過程。同時，建議與股東明確溝通此安排，確保雙方理解并同意。