可是6月份我有應交增值稅呀，沒有進項大于銷項，只是有一部分進項做了待認證進項稅額

那就是待認證和進項稅額是一個道理的

那我報稅的時候，報表里填寫負數有影響嗎？

你申報的時候按照負數填報也沒有影響。