相對于外因而言，內因是主觀的，也是復雜的。企業投資效率的內部影響因素很多，主要的內部影響因素有三個：企業產權性質、內部治理水平和管理層特征。 （一）企業投資效率內部影響因素具體形式 企業產權性質主要分為表現為國有企業和非國有企業兩種形式。內部治理水平包括內部控制水平、自由現金流、資本結構、治理機制、會計信息質量、銀企關系等，其中治理機制包括股東行為治理、董事會治理、利益相關者治理、集團控制等，會計信息質量包括會計穩健性、會計彈性、財務報告質量、盈余管理等。管理層特征包括管理層行為特征、高管個人特征、獨董獨立性、代理成本等。 （二）企業投資效率內部影響因素理論分析 企業投資效率的內部影響因素繁雜共生，既直接影響投資效率，又會通過影響其他內部因素而間接影響投資效率。對投資效率的內部影響因素的分析不能分立而為之，應該從理論上進行總體分析，這也許正是目前投資效率影響因素實證研究結論不一致的根本原因。內部因素對投資效率的影響可以用信息不對稱理論和委托代理理論進行分析。 信息不對稱理論認為，各類人員對信息的了解和掌握情況不同。委托代理理論認為，由于委托代理經營的出現，所有人和經理人之間信息不對稱將導致經理人存在逆向選擇和道德風險，從而降低企業的投資效率。委托代理出現的代理沖突問題造成委托人和代理人之間的利益不一致，代理人為了實現自己的利益可能使企業的投資決策偏離企業價值最大化的日標，這也同樣會降低了企業的投資效率。企業內部影響因素中的內部控制水平、治理機制、會計信息質量、管理層特征等具體形式對投資效率的影響都是適用上述理論分析。 信息不對稱問題和委托代理問題，使得外部資本成本大于內部資本成本。融資約束較強企業的投資支出，更多依賴于企業內部現金流。當企業同時面臨內外部資本融資約束時，就要被迫放棄好項目的投資，造成投資不足。相反，如果企業的銀企關系良好或者內源資金充足，都能很好地預防或緩解投資不足的發生，提高企業投資效率。企業內部影響因素中的企業銀企關系、資本結構、自由現金流對投資效率的影響，都可以從這一理論視角進行分析。