對于已勾選退稅但因發票單位開具有問題未退稅成功的出口企業，可以按照以下步驟處理： 1. **進行進貨憑證信息回退申請**：您需要在出口退稅平臺上進行進貨憑證信息回退申請。具體操作是在線申報新建，輸入發票代碼和發票號碼，保存并增加，然后提交數據申報。申報結果查詢狀態會變成“審核完成”。 2. **核實發票狀態**：在增值稅發票綜合服務平臺（即退稅勾選的地方）查詢發票，確認這些發票是否恢復正常狀態。 3. **退還發票給銷售方**：將抵扣聯和發票聯退還給銷售方，讓銷售方開具紅字信息表和紅字發票來糾正錯誤。 4. **重新進行勾選確認**：如果發票未進行用途確認，可以直接取消“出口退稅勾選”，然后重新選擇“抵扣勾選”。如果發票已經進行了用途確認，那么需要通過電子稅務局的出口退稅管理模塊進行明細數據采集，提交相關申報數據。 5. **注意退稅勾選規則**：請注意，對于一張增值稅專用發票，退稅勾選和抵扣勾選只能二選一。當期已勾選為退稅的發票需要通過“退稅確認勾選”功能進行確認，未進行退稅勾選確認的發票不能用于出口退稅。 6. **及時溝通稅務部門**：如果在操作過程中遇到問題或不確定的情況，建議及時與當地稅務部門聯系，以獲得具體的指導和幫助。 請按照上述步驟操作，并確保所有操作符合稅務規定和要求，以免影響后續的退稅流程。同時，保持與稅務部門的良好溝通，以便在遇到問題時能夠及時解決。