用公戶轉到房東個人卡上，沒問題是吧

沒有問題呀，因為這是真實的業務。

如果房東不愿意去代開發票，那我們可以帶著合同去稅務局代開也是一樣的吧，然后稅費自己承擔，是這樣嗎

只要你稅務局允許操作就行。