發票開個公司，打款是個人打進來的，這種情況是不是要對方公司出具一個委托個人付款的證明？

的出一個委托證明就可以了。

老師，讓對方公司按實際情況寫明原因委托某人付款，然后加蓋公章就可以是嗎？

就是這樣處理的，可以的。