應收賬款100萬，開票100萬，但是因交貨質量問題，扣了5萬的合同履約保證金

是的，開了的

你給對方開5萬的負數發票，這個是專票的，讓對方認證，對方開紅字信息表，然后你待會兒開紅字發票，紅沖你的收入就可以。