履約保證金可以從工程款里扣除，但需要經過協商后的雙方簽字確認。履約保證金是政府和企業之間簽訂的一種合同，用于保證企業有能力按照合同規定完成相關工作，并能按時交付成果物。繳納履約保證金可以在雙方合同期間內進行調整，如果企業沒有按照合同條款履行義務，政府有權利從工程款中扣除履約保證金。 拓展知識：履約保證金通常有兩種形式：一種是保證金，另一種是信用證。保證金是企業向政府擔保其履行合同義務的財務責任，而信用證是銀行憑借企業的擔保發放的若干數額的保證金。