小規模納稅人開增值稅專用發票，默認稅率為13%，并不可更改。您需要先申請使用ukey，然后在稅務局的官網進行Ukey賦碼，來進行初始化設置。完成后，才可以在小藥店開具專用發票，稅率仍為13%。在開票過程中，小藥店可以選擇按照規定的匯總報表做與稅務機關的互相核銷，以避免操作錯誤引發的稅款重復繳納。