在稅務機關代開發票金額出現錯誤，在納稅人做出書面申報后，應當辦理發票作廢登記，并申請辦理發票代開后金額異常退稅手續。具體步驟是：1.納稅人填寫稅務機關規定的《代開增值稅專用發票金額異常申請表》；2.向稅務機關準備相關證明材料，并提出異常稅款退稅申請；3.稅務機關核實相關信息后，對發票退稅手續進行辦理。